📰 « La question de lorigine du SARS-CoV-2 se pose sĂ©rieusement » – Techno-Science.net

📰 « La question de lorigine du SARS-CoV-2 se pose sĂ©rieusement » – Techno-Science.net

PrĂšs d’un an aprĂšs que l’on a identifiĂ© le coronavirus SARS-CoV-2, les chercheurs n’ont toujours pas dĂ©terminĂ© comment il a pu se transmettre Ă  l’espĂšce humaine. Le virologue Étienne Decroly fait le point sur les diffĂ©rentes hypothĂšses, dont celle de l’Ă©chappement accidentel d’un laboratoire.


Vue d’artiste (Est communĂ©ment appelĂ©e artiste toute personne exerçant l’un des mĂ©tiers ou activitĂ©s suivantes 🙂 de coronavirus

Tandis qu’on assiste Ă  une course de vitesse (On distingue 🙂 pour la mise au point (Graphie) de vaccins ou de traitements, pourquoi est-il si important de connaĂźtre la gĂ©nĂ©alogie du virus (Un virus est une entitĂ© biologique qui nĂ©cessite une cellule hĂŽte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme…) qui provoque la pandĂ©mie (Une pandĂ©mie (du grec ancien π៶Μ / pĂŁn (tous) et ÎŽáż†ÎŒÎżÏ‚ / dễmos (peuple)) est une…) de Covid-19 ?

Étienne Decroly: SARS-CoV-2, qui a rapidement Ă©tĂ© identifiĂ© comme le virus Ă  l’origine de la Covid-19 est, aprĂšs le SARS-CoV en 2002 et le MERS-CoV en 2012, le troisiĂšme coronavirus humain responsable d’un
syndrome (Un syndrome est un ensemble de signes cliniques et de symptĂŽmes qu’un patient est susceptible de prĂ©senter lors de certaines maladies, ou bien dans des…) respiratoire sĂ©vĂšre Ă  avoir Ă©mergĂ© au cours des vingt derniĂšres annĂ©es. On connaĂźt dĂ©sormais bien cette famille de virus qui circulent principalement chez les chauves-souris, et dont le transfert zoonotiqueFermerUne
zoonose est une
maladie infectieuse (Une maladie infectieuse est une maladie provoquĂ©e par la transmission d’un micro-organisme : virus, bactĂ©rie, parasite, champignon. Les…) qui est passĂ©e de l’
animal (Un animal (du latin animus, esprit, ou principe vital) est, selon la classification classique, un ĂȘtre vivant hĂ©tĂ©rotrophe, c’est-Ă -dire qu’il se nourrit de substances organiques. On…) Ă  l’
homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l’espĂšce appelĂ©e Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction,…) provoque Ă©pisodiquement des Ă©pidĂ©mies chez l’humain. Il est donc crucial de comprendre comment ce virus a
passĂ© (Le passĂ© est d’abord un concept liĂ© au temps : il est constituĂ© de l’ensemble des configurations successives du monde et s’oppose au futur sur une Ă©chelle…) la barriĂšre d’
espĂšce (Dans les sciences du vivant, l’espĂšce (du latin species, « type » ou « apparence ») est le taxon de base de la systĂ©matique. L’espĂšce est un concept flou dont il existe…) et est devenu hautement transmissible d’homme Ă  homme. L’Ă©tude des mĂ©canismes d’Ă©volution et des processus molĂ©culaires impliquĂ©s dans l’Ă©mergence de ce virus pandĂ©mique est essentielle afin de mieux nous prĂ©munir des Ă©mergences potentielles de ces virus, et pour Ă©laborer des stratĂ©gies thĂ©rapeutiques et vaccinales.

DĂšs les premiĂšres semaines de la pandĂ©mie, alors qu’on ne savait encore pas grand-chose du virus, sa probable origine animale a trĂšs vite Ă©tĂ© pointĂ©e. Pourquoi a-t-on d’emblĂ©e privilĂ©giĂ© cette piste, et a-t-elle Ă©tĂ© confirmĂ©e depuis ?

É.D. L’origine zoonotique des coronavirus, qui infectent prĂšs de 500 espĂšces de chauves-souris, Ă©tait dĂ©jĂ  bien documentĂ©e Ă  partir des Ă©mergences prĂ©cĂ©dentes. Dans la nature, des populations de chauves-souris partagent les mĂȘmes grottes, et diffĂ©rentes souches virales peuvent alors infecter simultanĂ©ment le mĂȘme animal, ce qui favorise les recombinaisons gĂ©nĂ©tiques entre virus et leur Ă©volution. Certaines souches sont parfois aptes Ă  franchir la barriĂšre d’espĂšce.


Groupe de chauves-souris dans une grotte de Birmanie. PrÚs de 500 espÚces de chauves-souris sont infectées par les coronavirus.

En comparant les sĂ©quences gĂ©nomiques d’Ă©chantillons viraux de diffĂ©rents malades infectĂ©s par SARS-CoV-2, on a observĂ© un taux d’identitĂ© de 99,98 %, ce qui montrait que cette souche virale avait Ă©mergĂ© trĂšs rĂ©cemment chez l’humain. On a par ailleurs rapidement dĂ©couvert que ce
gĂ©nome (Le gĂ©nome est l’ensemble du matĂ©riel gĂ©nĂ©tique d’un individu ou d’une espĂšce codĂ© dans son ADN (Ă  l’exception de certains virus dont le…) Ă©tait Ă  96 % identique Ă  celui d’un virus de chauve-souris (RaTG13) collectĂ© en 2013 Ă  partir de fĂšces de l’animal et dont les sĂ©quences ne sont connues que depuis le
mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une pĂ©riode de temps arbitraire.) de mars 2020. Nous avons par ailleurs remarquĂ© qu’une sĂ©quence de ce gĂ©nome Ă©tait totalement identique Ă  un fragment de 370 nuclĂ©otides sĂ©quencĂ© dĂšs 2016 Ă  partir d’Ă©chantillons collectĂ©s en 2013 dans une mine de la province du Yunnan, oĂč trois mineurs avaient succombĂ© Ă  une
pneumonie (Une pneumopathie est une pathologie du tissu pulmonaire. Étymologiquement, il s’agit d’une maladie (-pathie) des poumons (pneumo-) ou pneumopathique au sens gĂ©nĂ©ral du terme. CommunĂ©ment, le terme…) sĂ©vĂšre.

SARS-CoV-2 ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que rĂ©cemment la capacitĂ© de sortir de son rĂ©servoir animal naturel.

En outre, en analysant les sĂ©quences des autres coronavirus humains connus, on ne relĂšve que 79 % d’identitĂ© gĂ©nĂ©tique (La gĂ©nĂ©tique (du grec genno ÎłÎ”ÎœÎœÏŽ = donner naissance) est la science qui Ă©tudie l’hĂ©rĂ©ditĂ© et les…) entre SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2, et seulement 50 % en ce qui concerne MERS-CoV. Pour faire bref, le SARS-CoV-2 est gĂ©nĂ©tiquement plus proche de souches virales qui ne se transmettaient jusqu’alors qu’entre chauves-souris. Il ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que rĂ©cemment la capacitĂ© de sortir de son rĂ©servoir animal naturel qui est probablement la chauve-souris.

S’il est Ă©tabli que la Covid-19 nous vient de la chauve-souris, pourquoi son origine reste-elle l’objet de controverses ?

É. D. Aucune Ă©pidĂ©mie liĂ©e Ă  la transmission directe de la chauve-souris Ă  l’homme n’ayant Ă©tĂ© dĂ©montrĂ©e Ă  ce
jour (Le jour ou la journĂ©e est l’intervalle qui sĂ©pare le lever du coucher du Soleil ; c’est la pĂ©riode entre deux nuits, pendant laquelle les rayons du Soleil Ă©clairent le ciel. Son dĂ©but (par rapport Ă  minuit heure locale) et sa durĂ©e…), on pense que la transmission Ă  l’humain doit plutĂŽt s’effectuer
via une espĂšce hĂŽte intermĂ©diaire dans laquelle les virus peuvent Ă©voluer puis ĂȘtre sĂ©lectionnĂ©s vers des formes susceptibles d’infecter des cellules humaines. Afin d’identifier cette espĂšce intermĂ©diaire, on examine habituellement les relations phylogĂ©nĂ©tiques entre le nouveau virus et ceux provenant d’espĂšces animales vivant prĂšs de la rĂ©gion d’Ă©mergence ; c’est cette mĂ©thode qui a permis d’Ă©tablir que la
civette (Civette (latin scientifique : zabadec), ou anciennement chat musquĂ©, sont des noms vernaculaires qui dĂ©signent en français de nombreuses…) a Ă©tĂ© probablement l’hĂŽte intermĂ©diaire du SARS-CoV au dĂ©but des annĂ©es 2000, et le
dromadaire (Le dromadaire ou Vikar ou chameau d’Arabie (Camelus dromedarius) est une espĂšce de mammifĂšre domestique de la famille des camĂ©lidĂ©s et du…) celui du MERS-CoV dix ans plus tard. La dĂ©couverte dans le gĂ©nome de coronavirus infectant des pangolins d’une courte sĂ©quence gĂ©nĂ©tique codant pour le domaine de reconnaissance du rĂ©cepteur ACE-2, apparentĂ© Ă  celle qui permet Ă  SARS-CoV-2 de pĂ©nĂ©trer les cellules humaines, a un
temps (Le temps est un concept dĂ©veloppĂ© par l’ĂȘtre humain pour apprĂ©hender le changement dans le monde.) fait penser qu’on tenait un possible hĂŽte intermĂ©diaire, mais le restant de son gĂ©nome est trop distant du SARS-CoV-2 pour ĂȘtre un ancĂȘtre direct.


Une civette vendue sur le marchĂ© de Wuhan en 2003. Cette espĂšce a probablement Ă©tĂ© l’hĂŽte intermĂ©diaire du SARS-CoV Ă©mergĂ© au dĂ©but des annĂ©es 2000.

SARS-CoV-2 aurait ainsi pu résulter de recombinaisons multiples entre différents CoV circulant chez le pangolin et la chauve-souris, ce qui aurait conduit à une adaptation ayant
rendu (Le rendu est un processus informatique calculant l’image 2D (Ă©quivalent d’une photographie) d’une scĂšne crĂ©Ă©e dans un logiciel de modĂ©lisation 3D comportant Ă  la fois des…) possible la transmission du virus Ă  l’humain. La pandĂ©mie de Covid-19 proviendrait secondairement du contact avec l’hĂŽte intermĂ©diaire, Ă©ventuellement vendu sur le marchĂ© de Wuhan. Cette hypothĂšse pose cependant de nombreux problĂšmes.
Tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprĂ©tĂ© comme le monde ou l’univers.) d’abord Ă  cause de la
gĂ©ographie (La gĂ©ographie (du grec ancien ÎłÎ”Ï‰ÎłÏÎ±Ï†ÎŻÎ± – geographia, composĂ© de « η γη » (hĂȘ gĂȘ) la Terre et…): les Ă©chantillons viraux de chauves-souris ont Ă©tĂ© recueillis dans le Yunnan, Ă  prĂšs de 1 500 km du Wuhan oĂč a Ă©clatĂ© la pandĂ©mie. Ensuite pour une raison Ă©cologique: chauves-souris et pangolins Ă©voluent dans des Ă©cosystĂšmes diffĂ©rents et on se demande Ă  quelle occasion leurs virus auraient pu se recombiner. Et surtout, on note que le taux d’identitĂ© entre les sĂ©quences de SARS-CoV-2 et celles issues du pangolin n’atteint que 90,3 %, ce qui est bien infĂ©rieur aux taux habituellement observĂ©s entre les souches infectant l’humain et celles infectant l’hĂŽte intermĂ©diaire. Par exemple, le gĂ©nome du SARS-CoV et celui de la souche de civette dont il descendait partagent 99 % d’identitĂ©.

Pouvez-vous nous en dire plus sur cette sĂ©quence de reconnaissance du rĂ©cepteur cellulaire et le mĂ©canisme d’entrĂ©e du virus dans les cellules ?

É.D. Il faut pour cela revenir aux caractĂ©ristiques biologiques des coronavirus. Leur gĂ©nome contient un
gĂšne (Un gĂšne est une sĂ©quence d’acide dĂ©soxyribonuclĂ©ique (ADN) qui spĂ©cifie la synthĂšse d’une chaĂźne de polypeptide ou d’un…) S codant pour la
protĂ©ine (Une protĂ©ine est une macromolĂ©cule biologique composĂ©e par une ou plusieurs chaĂźne(s) d’acides aminĂ©s liĂ©s entre eux par des liaisons…) Spike, qui entre dans la composition de l’enveloppe du virus et donne aux coronavirus leur forme typique de couronne. La protĂ©ine Spike
joue (La joue est la partie du visage qui recouvre la cavitĂ© buccale, fermĂ©e par les mĂąchoires. On appelle aussi joue le muscle qui sert principalement Ă …) un rĂŽle fondamental dans la capacitĂ© d’infection du virus car elle contient un domaine, appelĂ© RBD, qui a pour caractĂ©ristique de se lier spĂ©cifiquement Ă  certains rĂ©cepteurs (ACE2) situĂ©s Ă  la
surface (Une surface dĂ©signe gĂ©nĂ©ralement la couche superficielle d’un objet. Le terme a plusieurs acceptions, parfois objet gĂ©omĂ©trique, parfois frontiĂšre physique, et est souvent…) des cellules infectables: c’est l’Ă©tablissement de cette liaison qui favorise ensuite la pĂ©nĂ©tration du virus dans la cellule. L’affinitĂ© du domaine RBD pour les rĂ©cepteurs ACE2 d’une espĂšce
donnĂ©e (Dans les technologies de l’information (TI), une donnĂ©e est une description Ă©lĂ©mentaire, souvent codĂ©e, d’une chose, d’une transaction d’affaire, d’un Ă©vĂ©nement, etc.) est un facteur dĂ©terminant de la capacitĂ© d’infection du virus de cette espĂšce. Chez l’humain, ce rĂ©cepteur est largement exprimĂ© et on le retrouve par exemple Ă  la surface des cellules pulmonaires ou intestinales.


Visualisation d’un virion SARS-CoV-2 en train d’infecter une cellule en se liant (Un liant est un produit liquide qui agglomĂšre des particules solides sous forme de poudre. Dans le domaine de la peinture, il permet au pigment d’une peinture de coller sur le support, il est alors plutĂŽt appelĂ©…) Ă  son rĂ©cepteur ACE2 (en jaune)

C’est en analysant les bases de donnĂ©es de coronavirus qu’il a Ă©tĂ© possible d’identifier que la sĂ©quence gĂ©nĂ©tique codant pour le domaine RBD du SARS-CoV-2 Ă©tait trĂšs proche de celle du coronavirus infectant le pangolin. Cette
observation (L’observation est l’action de suivi attentif des phĂ©nomĂšnes, sans volontĂ© de les modifier, Ă  l’aide de moyens d’enquĂȘte et d’étude appropriĂ©s. Le plaisir procurĂ© explique…) suggĂšre que la protĂ©ine Spike du CoV infectant le pangolin a une bonne affinitĂ© pour le rĂ©cepteur ACE2 humain, ce qui aurait pu permettre au virus de pangolin d’infecter plus efficacement les cellules humaines que le virus de chauves-souris. Toutefois, pour les raisons dĂ©jĂ  Ă©voquĂ©es, une majoritĂ© de chercheurs estiment dĂ©sormais que le pangolin n’a probablement pas jouĂ© de rĂŽle dans l’Ă©mergence de SARS-CoV2. L’hypothĂšse actuellement privilĂ©giĂ©e est qu’il s’agit plutĂŽt d’une Ă©volution convergente et indĂ©pendante du domaine RBD dans les deux lignĂ©es virales.

Y a-t-il des indices pointant vers d’autres candidats au rĂŽle d’hĂŽte intermĂ©diaire ?

É.D. Dans les zoonoses,
les hĂŽtes (Les HĂŽtes (Hostess) est une nouvelle de science-fiction d’Isaac Asimov, publiĂ©e pour la premiĂšre fois en 1951 dans Galaxy Science Fiction. Elle est disponible en…) intermĂ©diaires se retrouvent gĂ©nĂ©ralement parmi les animaux d’Ă©levage ou sauvages en contact avec les populations. Or, en dĂ©pit des recherches de virus dans les espĂšces animales vendues sur le marchĂ© de Wuhan, aucun virus intermĂ©diaire entre RaTG13 et le SARS-CoV-2 n’a pu ĂȘtre identifiĂ© Ă  ce jour. Tant que ce virus intermĂ©diaire n’aura pas Ă©tĂ© identifiĂ© et son gĂ©nome sĂ©quencĂ©, la question de l’origine de SARS-CoV-2 restera non rĂ©solue. Car en l’absence d’Ă©lĂ©ments probants concernant le dernier intermĂ©diaire animal avant la contamination humaine, certains auteurs suggĂšrent que ce virus pourrait avoir franchi la barriĂšre d’espĂšce Ă  la suite d’un accident de laboratoire ou ĂȘtre d’origine synthĂ©tique.


Pangolin Ă  longue queue (Manis tetradactyla) roulĂ© en boule dans les mains d’un braconnier. Fabian von Poser / imageBROKER / Biosphoto

Vous pensez que le SARS-CoV-2 est sorti d’un laboratoire ?

É.D. On ne peut Ă©liminer cette hypothĂšse, dans la mesure oĂč le SARS-CoV qui a Ă©mergĂ© en 2003 est sorti au moins quatre fois de laboratoires lors d’expĂ©rimentations. Par ailleurs, il faut savoir que les coronavirus Ă©taient largement Ă©tudiĂ©s dans les laboratoires proches de la zone d’Ă©mergence du SARS-CoV-2 qui dĂ©siraient entre autres comprendre les mĂ©canismes de franchissement de la barriĂšre d’espĂšce. Toutefois, pour l’
instant (L’instant dĂ©signe le plus petit Ă©lĂ©ment constitutif du temps. L’instant n’est pas intervalle de temps. Il ne peut donc ĂȘtre considĂ©rĂ© comme une durĂ©e.), les analyses fondĂ©es sur la phylogĂ©nie des gĂ©nomes complets de virus ne permettent pas de conclure dĂ©finitivement quant Ă  l’origine Ă©volutive du SARS-CoV-2.

On dispose de trois grands types de scĂ©narii pour expliquer comment SARS-CoV-2 a acquis son potentiel Ă©pidĂ©mique. PremiĂšrement, il s’agit d’une zoonose. La Covid-19 est due au franchissement rĂ©cent de la barriĂšre d’espĂšce par le coronavirus. Dans ce cas, on doit retrouver un virus plus proche que RaTG13 dans une espĂšce domestique ou d’Ă©levage. Pour rappel, ce n’est toujours pas le cas.
DeuxiĂšme scĂ©nario, il pourrait Ă©galement s’agir d’un coronavirus diffĂ©rent de SARS-CoV ou de MERS-CoV, qui se serait adaptĂ© Ă  l’humain il y a dĂ©jĂ  plusieurs annĂ©es, qui aurait circulĂ© jusqu’ici Ă  bas bruit (Dans son sens courant, le mot de bruit se rapproche de la signification principale du mot son. C’est-Ă -dire vibration de l’air pouvant donner lieu Ă  la crĂ©ation d’une sensation auditive.), et qu’une mutation rĂ©cente aurait rendu plus transmissible d’homme Ă  homme. Pour Ă©tayer ce cas de figure, il faudrait pouvoir analyser les Ă©chantillons viraux de personnes dĂ©cĂ©dĂ©es de pneumonies atypiques dans la zone d’Ă©mergence avant le dĂ©but de la pandĂ©mie.

Enfin, il reste la possibilitĂ© que SARS-CoV-2 descende d’un virus de chauves-souris isolĂ© par les scientifiques lors des collectes de virus et qui se serait adaptĂ© Ă  d’autres espĂšces au cours d’Ă©tudes sur des modĂšles animaux en laboratoire ; laboratoire dont il se serait ensuite Ă©chappĂ© accidentellement.

Cette derniÚre hypothÚse ne risque-t-elle pas de conforter les discours complotistes sur la pandémie de Covid-19 ?

É.D. Étudier l’origine de SARS-CoV-2 est une dĂ©marche
scientifique (Un scientifique est une personne qui se consacre Ă  l’Ă©tude d’une science ou des sciences et qui se consacre Ă  l’Ă©tude d’un domaine avec la rigueur et les mĂ©thodes scientifiques.) qui ne peut ĂȘtre assimilĂ©e Ă  une
thĂšse (Une thĂšse (du nom grec thesis, se traduisant par « action de poser ») est l’affirmation ou la prise de position d’un locuteur, Ă  l’Ă©gard du sujet ou du thĂšme qu’il Ă©voque.) complotiste. De plus, j’insiste sur le fait que, tant qu’on n’aura pas trouvĂ© l’hĂŽte intermĂ©diaire, cette hypothĂšse d’un Ă©chappement accidentel ne peut ĂȘtre Ă©cartĂ©e par la communautĂ© scientifique.

À ce jour, les Ă©tudes scientifiques n’ont apportĂ© aucun Ă©lĂ©ment dĂ©finitif qui dĂ©montrerait cette hypothĂšse ; il n’en demeure pas moins que des analyses plus approfondies sont nĂ©cessaires pour trancher. La question de l’origine naturelle ou synthĂ©tique du SARS-CoV-2 ne doit pas dĂ©pendre d’un agenda (Un agenda est un outil permettant d’associer des actions Ă  des moments, et d’organiser ainsi son temps. Il regroupe l’ensemble des jours de l’annĂ©e, organisĂ©s avec un dĂ©coupage d’une page par jour ou par…) politique ou de logiques de communication (La communication concerne aussi bien l’homme (communication intra-psychique, interpersonnelle, groupale…) que l’animal (communication intra- ou inter- espĂšces) ou la machine (tĂ©lĂ©communications, nouvelles technologies…),…). Elle mĂ©rite d’ĂȘtre examinĂ©e Ă  la lumiĂšre (La lumiĂšre est l’ensemble des ondes Ă©lectromagnĂ©tiques visibles par l’Ɠil humain, c’est-Ă -dire comprises dans des longueurs…) des donnĂ©es scientifiques Ă  notre disposition.

L’Ă©tude des mĂ©canismes d’Ă©volution impliquĂ©s dans l’Ă©mergence de ce virus est essentielle pour Ă©laborer des stratĂ©gies thĂ©rapeutiques et vaccinales.

Nos hypothĂšses doivent Ă©galement tenir compte de ce qu’il est actuellement possible de rĂ©aliser dans les laboratoires de virologie (La virologie est l’Ă©tude des virus et des agents infectieux associĂ©s. Elle cherche Ă  dĂ©crire leurs structures, Ă©volutions, les mĂ©canismes leur permettant d’infecter les cellules et…) ; et du fait que dans certains laboratoires, la manipulation du gĂ©nome de virus potentiellement pathogĂšnes est une pratique courante, notamment pour Ă©tudier les mĂ©canismes de franchissement de la barriĂšre d’espĂšces.

Justement, de nombreux sites complotistes se rĂ©fĂšrent aux affirmations de Luc Montagnier (Luc Montagnier est un mĂ©decin virologue français, nĂ© le 18 aoĂ»t 1932 Ă  Chabris, dans l’Indre.) qui explique que SARS-CoV-2 serait une chimĂšre virale crĂ©Ă©e dans un laboratoire chinois entre un coronavirus et le virus de l’immunodĂ©ficience humaine (VIH). Cette thĂ©orie (Le mot thĂ©orie vient du mot grec theorein, qui signifie « contempler, observer, examiner ». Dans le langage courant, une thĂ©orie est une idĂ©e ou une connaissance spĂ©culative, souvent basĂ©e sur l’observation ou…) est-elle sĂ©rieuse ?

E. D. Elle n’est en tout cas plus considĂ©rĂ©e comme telle par les spĂ©cialistes, qui en ont rĂ©futĂ© les principales conclusions. NĂ©anmoins, elle part d’une observation tout Ă  fait sĂ©rieuse et importante pour la comprĂ©hension du mĂ©canisme d’infection de SARS-CoV-2: Il a Ă©tĂ© dĂ©couvert que le gĂšne codant la protĂ©ine Spike contient quatre insertions de courtes sĂ©quences que l’on ne retrouve pas chez les CoV humains les plus proches gĂ©nĂ©tiquement. Ces insertions confĂšrent probablement des propriĂ©tĂ©s remarquables Ă  la protĂ©ine Spike de SARS-CoV-2. Des Ă©tudes structurales indiquent que les trois premiĂšres insertions sont localisĂ©es sur des domaines exposĂ©s de la protĂ©ine S et jouent donc probablement un rĂŽle dans l’Ă©chappement du virus au systĂšme immunitaire (Le systĂšme immunitaire d’un organisme est un ensemble coordonnĂ© d’Ă©lĂ©ments de reconnaissance et de dĂ©fense qui discrimine le « soi » du « non-soi ». Ce qui est reconnu comme non-soi…) de l’hĂŽte.

La quatriĂšme insertion est plus rĂ©cente et fait apparaĂźtre un site sensible aux furines, des enzymes protĂ©ases produites par les cellules de l’hĂŽte. Il est aujourd’hui clairement dĂ©montrĂ© que le clivage (Le clivage est l’aptitude de certains minĂ©raux Ă  se fracturer selon des surfaces planes dans des directions privilĂ©giĂ©es lorsqu’ils sont soumis Ă  un effort…) de Spike par les furines induit (L’induit est un organe gĂ©nĂ©ralement Ă©lectromagnĂ©tique utilisĂ© en Ă©lectrotechnique chargĂ© de recevoir l’induction de l’inducteur et de la transformer en Ă©lectricitĂ© (gĂ©nĂ©rateur) ou en…) un changement de conformation (En chimie, la conformation d’une molĂ©cule est l’arrangement spatial des atomes qui la composent. Les molĂ©cules dans lesquelles les atomes sont liĂ©s chimiquement de la mĂȘme façon, mais dans…) favorisant la reconnaissance du rĂ©cepteur cellulaire ACE2. S’interrogeant sur l’origine de ces insertions, des chercheurs ont affirmĂ© dans une prĂ©publication qu’au niveau de ces sĂ©quences, la protĂ©ine Spike de SARS-CoV-2 prĂ©senterait des similaritĂ©s troublantes avec des sĂ©quences de fragments du virus VIH-1. TrĂšs critiquĂ© pour ses faiblesses mĂ©thodologiques et ses erreurs d’interprĂ©tation, l’article a Ă©tĂ© retirĂ© du site bioRxiv.


Visualisations de la protéine Spike (S) du SARS-CoV-2 recouverte de glycoprotéines (à droite) ou « nue » (à gauche).

Cette hypothÚse serait donc restée anecdotique si, en avril 2020, Luc Montagnier, prix Nobel de
mĂ©decine (La mĂ©decine (du latin medicus, « qui guĂ©rit ») est la science et la pratique (l’art) Ă©tudiant l’organisation du corps humain (anatomie), son fonctionnement normal…) pour ses travaux sur le VIH, ne l’avait relancĂ©e en proclamant que ces insertions ne rĂ©sulteraient pas d’une recombinaison naturelle ou d’un accident, mais d’un vrai travail de gĂ©nĂ©tique, effectuĂ© intentionnellement, vraisemblablement dans le cadre de recherches visant Ă  dĂ©velopper des vaccins contre le VIH. Ces affirmations ont une nouvelle fois Ă©tĂ© rĂ©futĂ©es par des analyses biostatistiques qui ont montrĂ© que les sĂ©quences similaires entre VIH et SARS-CoV-2 Ă©taient trop courtes (10 Ă  20 nuclĂ©otides sur un gĂ©nome qui en compte 30 000) et que cette ressemblance Ă©tait vraisemblablement fortuite.

Cependant, devant la difficultĂ© Ă  comprendre l’origine de ce virus, nous avons conduit des analyses phylogĂ©nĂ©tiques en collaboration avec des bio-informaticiens et des phylogĂ©nĂ©ticiens. Leurs rĂ©sultats montrent que trois des quatre insertions que l’on observe chez le SARS-CoV-2 se retrouvent chacune dans des souches plus anciennes de coronavirus. Notre Ă©tude indique de façon certaine que ces sĂ©quences sont apparues indĂ©pendamment, Ă  diffĂ©rents moments de l’histoire Ă©volutive du virus. Ces donnĂ©es invalident l’hypothĂšse d’une insertion rĂ©cente et intentionnelle de ces quatre sĂ©quences par un laboratoire.

Reste la 4e insertion qui fait apparaĂźtre un site de protĂ©olyse furine chez le SARS-CoV-2 absente dans le reste de la famille des SARS-CoV. On ne peut donc pas exclure que cette insertion rĂ©sulte d’expĂ©riences visant Ă  permettre Ă  un virus animal de passer (Le genre Passer a Ă©tĂ© crĂ©Ă© par le zoologiste français Mathurin Jacques Brisson (1723-1806) en 1760.) la barriĂšre d’espĂšce vers l’humain dans la mesure oĂč il est bien connu que ce type d’insertion joue un rĂŽle clĂ© dans la propagation de nombreux virus dans l’espĂšce humaine.

Comment sortir de cette incertitude ?

É.D. Le gĂ©nome de SARS-CoV-2 est un puzzle
combinatoire (En mathĂ©matiques, la combinatoire, appelĂ©e aussi analyse combinatoire, Ă©tudie les configurations de collections finies d’objets ou les combinaisons d’ensembles finis, et les…) et les mĂ©canismes de recombinaison des virus animaux ayant permis une telle Ă©mergence demeurent Ă©nigmatiques. Pour comprendre sa genĂšse, il est donc nĂ©cessaire d’intensifier la collecte d’Ă©chantillons chez des espĂšces sauvages ou domestiques. L’Ă©ventuelle dĂ©couverte de virus animaux prĂ©sentant une trĂšs forte similaritĂ© avec SARS-CoV-2 fournirait un Ă©lĂ©ment dĂ©cisif pour valider son origine naturelle. Par ailleurs, des analyses bio-informatiques plus poussĂ©es pourraient permettre de rĂ©vĂ©ler des
traces (TRACES (TRAde Control and Expert System) est un rĂ©seau vĂ©tĂ©rinaire sanitaire de certification et de notification basĂ© sur internet sous la responsabilitĂ© de la Commission europĂ©enne dans…) Ă©ventuelles de manipulation gĂ©nĂ©tique, ce qui plaiderait Ă  l’
inverse (En mathĂ©matiques, l’inverse d’un Ă©lĂ©ment x d’un ensemble muni d’une loi de composition interne · notĂ©e multiplicativement, est un…) pour une origine
expérimentale (
En art, il s’agit d’approches de crĂ©ation basĂ©es sur une remise en question des dogmes dominants tant sur le plan formel, esthĂ©tique, que sur le plan culturel et politique.

En science, il s’agit d’approches de…).


ReprĂ©sentation schĂ©matique d’une partie du gĂ©nome du SARS-CoV-2 Tammy C. T. Lan et al., bioRxiv; S. Rouskin/Boston University

Quoi qu’il en soit, que ce virus soit ou non d’origine naturelle, le fait mĂȘme que la question puisse dĂ©sormais ĂȘtre sĂ©rieusement posĂ©e nous contraint Ă  une rĂ©flexion critique sur les outils et les mĂ©thodes de reconstruction de virus actuellement Ă  l’oeuvre dans les laboratoires de
recherche (La recherche scientifique dĂ©signe en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de dĂ©velopper les connaissances…), et sur leur
usage (L’usage est l’action de se servir de quelque chose.) potentiel dans des expĂ©riences de « gain de fonction ».

Mais ces outils ne sont-ils pas justement les seuls capables de nous permettre de comprendre et combattre les virus et les Ă©pidĂ©mies qu’ils entraĂźnent ?

É.D. Certes, mais il faut bien comprendre qu’en quelques annĂ©es, les paradigmes de la recherche sur les virus ont radicalement changĂ©. Aujourd’hui, obtenir ou faire synthĂ©tiser une sĂ©quence gĂ©nĂ©tique est Ă  la portĂ©e de n’importe quel laboratoire: on peut en moins d’un mois construire de toutes piĂšces un virus fonctionnel Ă  partir des sĂ©quences disponibles dans les bases de donnĂ©es. De plus, des outils de manipulation du gĂ©nome rapides, bon marchĂ© et faciles Ă  utiliser ont Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©s. Ces outils permettent de faire des avancĂ©es spectaculaires, mais ils dĂ©multiplient aussi les risques et la
gravitĂ© (La gravitation est une des quatre interactions fondamentales de la physique.) potentielle d’un Ă©ventuel accident, notamment lors d’expĂ©riences de « gain de fonction » sur des virus Ă  potentiel pandĂ©mique.

MĂȘme s’il s’avĂšre que la pandĂ©mie de Covid-19 est finalement le rĂ©sultat d’une zoonose « classique », plusieurs incidents ayant conduit Ă  des sorties accidentelles de virus depuis des laboratoires ont Ă©tĂ© documentĂ©s ces derniĂšres annĂ©es. Un des cas les plus connus concerne le virus Marburg, issu d’une contamination par des singes sauvages. La pandĂ©mie grippale de 1977 en est un autre exemple. Des Ă©tudes gĂ©nĂ©tiques rĂ©centes suggĂšrent qu’elle aurait rĂ©sultĂ© de la sortie de laboratoire d’une souche virale collectĂ©e dans les annĂ©es 1950. Et plus rĂ©cemment, plusieurs sorties accidentelles de SARS-CoV Ă©tudiĂ©s dans des laboratoires ont Ă©tĂ© rapportĂ©es dans la littĂ©rature, mĂȘme si elles n’ont heureusement donnĂ© lieu Ă  aucune Ă©pidĂ©mie importante.

Les normes internationales imposent que la recherche, l’isolement et la culture (La Culture est une civilisation pan-galactique inventĂ©e par Iain M. Banks au travers de ses romans et nouvelles de science-fiction. DĂ©crite avec beaucoup de prĂ©cision et de dĂ©tail, La Culture peut ĂȘtre…) de virus Ă  potentiel pandĂ©mique, incluant les virus respiratoires, soient rĂ©alisĂ©s dans des conditions expĂ©rimentales sĂ©curisĂ©es, avec une traçabilitĂ© irrĂ©prochable pour Ă©viter toute transmission zoonotique. Toutefois, des accidents peuvent toujours se produire et il est important de se questionner sur la dangerositĂ© potentielle des expĂ©rimentations notamment quand elles visent un gain de fonction ou d’infectiositĂ©.

PrĂŽnez-vous un moratoire ou une interdiction de ces recherches ?

É.D. Je ne prĂŽne pas une interdiction pure et simple ; il ne s’agit pas de stĂ©riliser la recherche, mais de questionner plus strictement le rapport bĂ©nĂ©fice/risque. Une confĂ©rence devrait peut-ĂȘtre ĂȘtre organisĂ©e pour Ă©valuer la nĂ©cessitĂ© d’un moratoire ou d’une rĂ©glementation internationale plus adaptĂ© ?

Tant qu’on n’aura pas trouvĂ© l’hĂŽte intermĂ©diaire, l’hypothĂšse d’un Ă©chappement accidentel ne pourra ĂȘtre Ă©cartĂ©e par la communautĂ© scientifique.

Au vu des risques infectieux que les techniques d’Ă©tude des virus nous font aujourd’hui courir, la sociĂ©tĂ© civile et la communautĂ© scientifique doivent au plus vite s’interroger sur la pratique d’expĂ©riences de gain de fonction et d’adaptation artificielle de souches virales dans des hĂŽtes animaux intermĂ©diaires. En 2015, conscientes de ce problĂšme, les agences fĂ©dĂ©rales amĂ©ricaines avaient gelĂ© le financement de toute nouvelle Ă©tude impliquant ce type d’expĂ©riences. Ce moratoire a pris fin en 2017. Ces pratiques Ă  haut risque devraient, Ă  mon sens (SENS (Strategies for Engineered Negligible Senescence) est un projet scientifique qui a pour but l’extension radicale de l’espĂ©rance de vie humaine. Par une Ă©volution progressive allant du ralentissement du vieillissement,…), ĂȘtre repensĂ©es et encadrĂ©es au niveau international par des comitĂ©s d’Ă©thiques.

Enfin, les chercheurs de ces domaines doivent Ă©galement mieux prendre en compte leur propre responsabilitĂ© dĂšs lors qu’ils ont conscience des dangers Ă©ventuels que peuvent gĂ©nĂ©rer leurs travaux. Des stratĂ©gies expĂ©rimentales alternatives (Alternatives (titre original : Destiny Three Times) est un roman de Fritz Leiber publiĂ© en 1945.) existent souvent pour atteindre les objectifs tout en limitant fortement les risques expĂ©rimentaux.

N’est-ce pas dĂ©jĂ  le cas ?

É.D. En thĂ©orie, oui. Dans la rĂ©alitĂ©, on est souvent loin du compte, notamment car nous, les scientifiques, sommes insuffisamment formĂ©s sur ces questions. Et parce que le
climat (Le climat correspond Ă  la distribution statistique des conditions atmosphĂ©riques dans une rĂ©gion donnĂ©e pendant une pĂ©riode de temps…) de compĂ©tition qui baigne le
monde (Le mot monde peut dĂ©signer 🙂 de la recherche engendre de l’
expĂ©rimentation (L’expĂ©rimentation est une mĂ©thode scientifique qui consiste Ă  tester par des expĂ©riences rĂ©pĂ©tĂ©es la validitĂ© d’une hypothĂšse et Ă  obtenir des donnĂ©es quantitatives permettant de l’affiner….) rapide et tous azimuts, sans rĂ©flexion approfondie sur ces questions d’Ă©thique ou la dangerositĂ© potentielle de leurs travaux.

Dans mes cours consacrĂ©s Ă  l’ingĂ©nierie (L’ingĂ©nierie dĂ©signe l’ensemble des fonctions allant de la conception et des Ă©tudes Ă  la responsabilitĂ© de la construction et au contrĂŽle des Ă©quipements d’une installation technique ou…) virale, j’ai l’habitude de prĂ©senter Ă  des Ă©tudiants de Master cet exercice thĂ©orique: je leur demande d’imaginer un procĂ©dĂ© procurant au virus VIH la capacitĂ© d’infecter n’importe quelle cellule de l’organisme (pas seulement les lymphocytes). Ces Ă©tudiants sont brillants, et la plupart sont en mesure de me proposer des mĂ©thodes efficaces, conduisant Ă  la construction de virus chimĂ©riques potentiellement dangereux. Je donne ce cours depuis une dizaine d’annĂ©es et les Ă©tudiants s’attachent exclusivement Ă  l’efficacitĂ© de la mĂ©thode sans s’interroger une seconde (
Seconde est le fĂ©minin de l’adjectif second, qui vient immĂ©diatement aprĂšs le premier ou qui s’ajoute Ă  quelque chose de nature identique.
La seconde est une unité de mesure du temps.
La seconde d’arc est une…)
sur les conséquences potentielles de leurs mises en oeuvre.

L’objectif pĂ©dagogique que je poursuis est de les sensibiliser Ă  ces problĂ©matiques et de leur montrer qu’on peut dans bien des cas construire des systĂšmes expĂ©rimentaux tout aussi efficaces et permettant de mieux contrĂŽler les risques biologiques. il faut intervenir dĂšs la formation, en formant (Dans l’intonation, les changements de frĂ©quence fondamentale sont perçus comme des variations de hauteur : plus la frĂ©quence est Ă©levĂ©e, plus la…) les futurs (Futurs est une collection de science-fiction des Éditions de l’Aurore.) biologistes Ă  toujours questionner le risque et la pertinence sociĂ©tale de leurs travaux, aussi novateurs soient-ils.

Pour en savoir plus

Retrouver les origines du SARS-COV-2 dans les phylogénies de coronavirus
E. Sallard, et al.
MĂ©decine/sciences, 36 (8-9), 783-796 (2020).

ConfĂ©rence d’Etienne Decroly sur la pandĂ©mie Covid-19 pour l’UniversitĂ© Populaire de Marseille

Auteur:
Yaroslav Pigenet
Journaliste scientifique.

En savoir plus sur l’auteur

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