Covid-19 : pourquoi ne sait-on pas encore si le variant du virus circule en France ? – Le Parisien

Covid-19 : pourquoi ne sait-on pas encore si le variant du virus circule en France ? – Le Parisien

Il est accusé par les autorités britanniques d’être en partie responsable de la flambée des nouveaux cas dans le sud-est de l’Angleterre, et on a déjà retrouvé sa trace en Italie, aux Pays-Bas, ou encore en Belgique. Mais ce variant du coronavirus SARS-CoV-2, apparu en septembre au Royaume-Uni, circule-t-il également en France?

De nombreux scientifiques jugent très probable ce soit le cas. En effet, les déplacements de personnes possiblement infectées d’un côté à l’autre de la Manche étaient autorisés depuis cet été. « Il est tout à fait envisageable, il est possible, que ce virus circule [en France] », a sobrement indiqué Olivier Véran mardi. Mais on ne peut pas encore l’affirmer totalement.

Séquençage du virus

Pour comprendre, il faut d’abord expliquer ce que l’on appelle le séquençage. Tout virus contient un génome, lui-même composé de nucléotides (près de 30 000 dans le cas du SARS-CoV-2). En France, l’Institut Pasteur a été le premier à séquencer intégralement le génome de ce coronavirus, le 29 janvier 2020. Mais ce pathogène a régulièrement muté depuis près d’un an. Certaines de ses près de 30 000 bases ont pu évoluer, d’où l’apparition de variant aux propriétés (transmission, dangerosité, etc) plus ou moins différentes. Au total, dans le monde, « 300 000 mutants de CoV-2 ont été séquencés », a indiqué le généticien Axel Kahn le week-end dernier.

Reste à savoir si ce « variant anglais », suspecté d’être plus transmissible, circule en France. « Nous le saurons, nous lançons des études génotypiques. Sur les derniers jours, 500 souches virales ont été analysées en génétique et ce variant n’a pas été retrouvé, ce qui ne veut pas dire qu’il ne circule pas », a indiqué Olivier Véran sur Europe 1 lundi matin. « Nous allons chercher encore plus fort », a renchéri le ministre de la Santé le lendemain.

L’idée est de récupérer du virus obtenu lors d’un prélèvement, puis de lui appliquer des techniques de séquençage. « Quand on isole un virus, on regarde si la séquence de son génome correspond à tel ou tel variant. Comme on connaît les mutations associées à ce variant anglais, on peut voir s’il y a des changements qui correspondent », pointe le virologue Yves Gaudin, de l’Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC) de Paris-Saclay. « Si vous voulez spécifiquement regarder si c’est le variant anglais, vous savez sur quels nucléotides parmi les 29 000 il y a eu des variations, donc il suffit de regarder à ces endroits-là », complète Jean-Daniel Lelièvre, chef du service d’infectiologie de l’hôpital Henri-Mondor à Créteil (AP-HP).

Dépistage massif dans le Nord en janvier

En revanche, on ne sait pas précisément comment les 500 souches évoquées par Olivier Véran ont été sélectionnées. « Le séquençage d’un échantillon de 500 virus isolés au hasard en France devrait donner une idée de la circulation de ce variant sur le territoire français. On peut aussi se concentrer sur un échantillon de personnes positives revenues du Royaume-Uni », souligne Yves Gaudin.

VIDÉO. La variante du Covid-19 n’a pas été repérée en France, assure Véran

Le généticien Philippe Froguel propose de son côté une « mise en œuvre immédiate opérationnelle du programme SentiCov (sentinelle virale) de séquençage des échantillons de personnes contaminées partout en France ». Ça tombe bien, une opération de dépistage massif est organisée dans son département du Nord du 11 au 16 janvier. « On espère 30 000 tests PCR en cinq jours, soit environ 600 positifs. On va séquencer tous ces 600 prélèvements », nous assure le chercheur. Les autorités sanitaires auraient donné leur accord pour cette démarche.

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Philippe Froguel ajoute que le coût (environ 50 euros par séquençage) sera financé par des crédits de recherche. « On ne demande d’argent à personne », argue-t-il.

« On ne le saura que dans quelques semaines »

Au final, savoir définitivement si ce variant anglais est présent en France pourrait donc prendre un peu de temps. « Si le variant est présent dans notre pays, on ne le saura que dans quelques semaines », a estimé auprès de France Info Etienne Simon-Lorière, chercheur à l’Institut Pasteur. « C’est une question de temps, de moyen, d’intérêt aussi. En France, il y a plus de gens qui travaillent sur le développement des traitements que sur le séquençage des virus », estime de son côté l’immunologue Jean-Daniel Lelièvre.

Pour preuve, les chercheurs français ne publient sur la plateforme en ligne Gisaid que moins d’une séquence génétique pour 1 000 cas recensés. C’est 50 fois moins qu’au Royaume-Uni, où il existe « une grosse tradition de séquençage du génome des virus respiratoires », indique Yves Gaudin. Dans un communiqué paru le 3 novembre, l’Académie nationale de médecine avait d’ailleurs jugé « crucial d’avoir accès à toutes les séquences détectées du virus du Covid-19 accompagnées de métadonnées extensives (date, lieu, âge du patient, sexe), le plus rapidement possible, et idéalement en temps réel ».

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