Mutation du Covid : le variant sud-africain en France, un avis sur la nouvelle souche anglaise – Linternaute.com

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Mutation du Covid : le variant sud-africain en France, un avis sur la nouvelle souche anglaise

NOUVELLE SOUCHE COVID. La nouvelle souche sud-africaine du coronavirus a été détectée en France, ce jeudi 31 décembre, deux jours après la mise en ligne un avis du Conseil scientifique plutôt rassurant sur le variant anglais…

[Mis à jour le 31 décembre 2020 à 20h47] Un an après le début de la propagation du Covid-19, une mutation du virus se propage dans le monde. Deux mutations d’ailleurs, puisqu’un variant britannique et un variant sud-africain, en de nombreux points semblables, mais sans lien direct apparent, sont désormais détectés. Les deux circulent désormais en France, un premier cas du variant venu d’Afrique du Sud ayant été détecté en France jeudi, quelques jours après le premier cas confirmé du variant britannique. Le patient est un homme de retour d’Afrique du Sud et résidant dans le Haut-Rhin, à proximité de la frontière suisse, selon le ministère de la Santé.

Le vendredi 25 décembre, un premier patient atteint par la souche britannique du coronavirus avait été identifié à Tours. Il s’agit d’un homme de nationalité française, résidant habituellement à Londres et arrivé en Indre-et-Loire le 19 décembre. « À ce jour, plusieurs prélèvements positifs pouvant faire évoquer le variant VOC 202012/01 sont en cours de séquençage par les laboratoires du CNR », a indiqué le ministère de la Santé dans un communiqué, diffusé samedi 26 décembre.

Ce mardi 29 décembre, le Conseil scientifique français a rendu public un avis émis une semaine plus tôt et qui s’est penché sur ce qu’il appelle le « clone anglais ‘VUI-UK' ». « Les données actuelles fournies par les autorités britanniques rapportent une augmentation du risque de transmission […], mais aucune différence n’est notée à ce jour en termes de pathogénicité (manifestations cliniques, durée de la maladie) ou d’échappement à la réponse immunitaire des personnes déjà infectées », écrivent les experts en charge de conseiller le gouvernement français sur le coronavirus. « Ces données épidémiologiques doivent inciter à la prudence, mais demandent à être confirmées à moyen terme », écrivent encore les scientifiques qui écartent donc à ce stade tout « risque de réinfection » d’une personne ayant déjà eu le coronavirus (« Les premières données montrent que des sérums issus de patients ayant fait un COVID avec une autre souche peuvent neutraliser le clone anglais in vitro »).

Devant cette mutation du Covid, le Conseil scientifique écarte aussi pour le moment toute « perte d’efficacité de la protection immunitaire associée aux vaccins actuels » (« De façon théorique, les épitopes vaccinaux sont situés dans des zones différentes des zones de mutations délétions de la protéine S observées chez le clone »). « Actuellement, sur la base de la surveillance et des séquences disponibles, ce clone VUI-UK parait peu présent en France mais il sera très probablement retrouvé dans les jours qui viennent », écrivent encore les membres du Conseil.

La stupeur a saisi le monde entier le samedi 19 décembre, quand les autorités britanniques ont décidé de reconfiner Londres et et le Sud-est du pays en urgence, avec déplacements interdits. En cause, la propagation d’une variante du Covid en Angleterre qui préoccupe les organismes scientifiques et sanitaires du pays. Les virologues britanniques estiment que cette mutation du virus, baptisée B.1.1.7, est apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent. Selon leurs estimations, la mutation serait à l’origine de 62% des contaminations survenues à Londres en décembre et de 43% dans le sud-est, bien plus qu’à la mi-novembre.

Une autre variante très proche, mais vraisemblablement sans rapport a été observée à peu près au même moment en Afrique du Sud. Cette variante n’est à ce stade décrite que comme « une variante similaire » à la souche B.1.1.7 par le ministre de la Santé sud-africain Zwelini Mkhize, dans un communiqué cité par Le Point. Néanmoins, mercredi 23 décembre, le Royaume-Uni a tiré la sonnette d’alarme. « Ce nouveau variant est hautement préoccupant, parce qu’il est plus contagieux et semble avoir muté davantage que le nouveau variant qui a été identifié au Royaume-Uni », a ainsi annoncé le ministre de la Santé Matt Hancock. Des restrictions de voyages ont donc été « immédiatement » prises outre-Manche.

Faut-il parler de variante, de nouvelle souche ou de mutation du coronavirus qui sévit dans le monde depuis novembre 2019 ? Il faut d’abord savoir que le SARS-CoV-2 subit depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d’ARN du virus (l’acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. Ces mutations, qui n’ont généralement aucun impact, peuvent parfois à l’inverse modifier plus sensiblement le virus. On parle alors de variantes ou de nouvelles souches, qui font tous les deux référence à une modification plus structurelle et veulent donc dire peu ou prou le même chose. Parmi elles, la variante D614G est devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du mois de février 2020. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c’est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu 12 000 mutations.

Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, a estimé que la nouvelle variante B.1.1.7, observée en Angleterre en cette fin d’année, présentait 23 changements par rapport au virus (le Conseil scientifique français en évoque 24). Les premières analyses évoquaient quant à elles 17 mutations, ou altérations potentiellement importantes. Des mutations en nombre « inhabituellement grand » en tout cas, beaucoup étant « associées aux changements dans la protéine que le virus fabrique » et « à la manière dont le virus se lie aux cellules ou les pénètre », selon des propos rapportés par l’AFP. Il s’agit donc bien de mutations qui ont abouti à une nouvelle souche du virus.

Le principal motif d’inquiétude au sujet de la variante B.1.1.7 du coronavirus est que celle-ci serait plus contagieuse encore que la souche dominante à ce jour en Europe. Un premier rapport du Nervtag, le groupe chargé de conseiller le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, laissait entendre dès la mi-décembre que la variante VUI-202012/01 présentait « un avantage sélectif par rapport aux autres variantes » du virus et a connu une « croissance exponentielle pendant une période lors de laquelle des mesures nationales de verrouillage étaient en place ». Surtout, les mutations du coronavirus « portent principalement sur la protéine des Spikes (spicules) », indiquait le rapport, autrement dit les pointes qui se trouvent à sa surface du coronavirus et lui permettent de s’attacher aux cellules pour les pénétrer, jouant donc un rôle clé dans l’infection virale.

Une autre étude menée par plusieurs chercheurs britanniques et publiée sur le forum scientifique Virological.org, laisse elle aussi entendre que cette forme du Covid serait plus contagieuse. Il est question notamment d’une des mutations observées : la mutation N501Y, liée justement aux Spikes du coronavirus. L’une des conclusions des chercheurs est que le coronavirus aurait subi « un nombre étonnamment élevé de modifications génétiques, notamment dans le domaine de la liaison aux récepteurs du virus dans le corps humain ».

Chris Whitty, directeur général de la santé d’Angleterre, a fait part de son inquiétude, dans un communiqué publié le 19 décembre. Il a confirme que « le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et émergentes des virus respiratoires (Nervtag) considère maintenant que cette nouvelle souche peut se propager plus rapidement que les autres variantes du virus ». « Il semble que ce virus [soit] largement plus infectieux que la souche précédente », a abondé le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, le 21 décembre, sur Science Media Centre.

Boris Johnson avait indiqué la veille de son côté que la nouvelle mutation pouvait se transmettre  » jusqu’à 70% plus facilement », tandis que le ministre de la Santé, Matt Hancock, a évoqué une variante « hors de contrôle ». « Les éléments de preuve sont encore insuffisants pour permettre de se faire une opinion ferme sur la question de savoir si le virus a réellement augmenté la transmission », a néanmoins déclaré le professeur Jonathan Ball, virologue à l’université de Nottingham, dans des propos repris par la BBC le même jour. Plus mesurée elle aussi, l’Organisation mondiale de la santé a rejeté l’idée d’un variant hors de contrôle, en indiquant que les taux d’incidence du virus avaient pu être élevés lors de la première vague sans pour autant que la situation n’échappe au contrôle des autorités sanitaires.

Des conclusions contradictoires sur la contagiosité

Mardi 22 décembre, des experts américains ont débuté des premières études sur la nouvelle souche du coronavirus et selon ces dernières, il n’y a aucune preuve d’une contagiosité plus élevée. « Il n’y a pas de preuve tangible que ce virus soit effectivement plus contagieux », mais « il y a des preuves claires qu’il est plus répandu dans la population », a fait savoir Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme gouvernemental de vaccination, à l’occasion d’une conférence de presse.

Interrogé sur le sujet, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique en France, estime qu’il faut rester prudent, sans s’alarmer. « La crainte, c’est une véritable mutation de la protéine Spike, c’est-à-dire celle qui permet au virus de s’accrocher. Or, celle décrite par les Anglais porte sur cette protéine, et des données suggèrent que le virus serait plus infectieux. Cela demande à être confirmé. Je ne suis pas inquiet car nous avons déjà levé ce type d’alerte : rappelez-vous les récentes craintes sur les visons » disait-il au Parisien mi-décembre.

Une étude britannique publiée jeudi 24 décembre semble confirmer que cette forme mutante du virus serait plus rapide dans sa transmission.  Une souche « 50% à 74% » plus contagieuse résume l’un des auteurs, Nick Davies, biologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM). L’étude fait part de son inquiétude quant à un nombre de personnes contaminées plus important et donc une forte hausse des hospitalisations. 

Un cas positif a effectivement été détecté en France, vendredi 25 décembre, plus spécifiquement à Tours. La personne contaminée est un homme français, domicilié à Londres et en séjour à Tours depuis le 19 décembre. Asymptomatique, il a été pris en charge par le CHU de Tours et placé à l’isolement. « Il se porte bien », a précisé le ministère de la Santé dans un communiqué mis en ligne le jour de Noël. Le 21 décembre, Emmanuel Macron avait qualifié cette mutation du virus de « problématique ». « On doit redoubler de vigilance. Tout cela montre la complexité du virus, son agressivité, oserais-je dire son inventivité et l’humilité qu’il nous faut toujours avoir », a-t-il déclaré durant une réunion de crise.

Preuve que la découverte de cette mutation du coronavirus préoccupe au sommet de l’État, la France avait choisi de fermer sa frontière aux déplacements avec le Royaume-Uni pour 48 heures le dimanche 20 décembre, afin de se prémunir au maximum d’une contamination sur son sol. Une reprise limitée du flux des personnes du Royaume-Uni vers la France a toutefois été annoncée à l’issue de ces 48 heures. Depuis le 23 décembre, et après deux jours de fermeture des frontières, les Français, les ressortissants de l’Espace européen et les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui, soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables, sont autorisés à revenir en France. Ce 25 décembre, le ministère de l’Intérieur a fait savoir que des mesures restrictives étaient maintenues au moins jusqu’au 6 janvier. « Seules certaines catégories de personnes sont autorisées à se déplacer vers la France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, munies d’une attestation de déplacement », a indiqué Beauvau dans communiqué. Par ailleurs, toute personne souhaitant rejoindre l’Hexagone doit également se munir d’un test PCR négatif de moins de 72 heures.

La circulation de cette nouvelle souche du Covid en France sera en tout cas difficile à évaluer avec précision. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a indiqué il y a quelques jours dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. « La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni », expliquait-il dans le quotidien. La propagation de l’autre variante, détectée en Afrique du Sud, est encore inconnue. 

Le ministre de la Santé britannique a indiqué le 20 décembre que « la nouvelle souche (de coronavirus, ndlr) était hors de contrôle », justifiant ainsi les mesures de confinement imposées, mais il a bien précisé que les travaux en cours n’avaient pas pointé de symptômes plus graves. « Rien n’indique qu’il est plus mortel ou qu’il cause une forme plus sévère de la maladie », a également précisé le Premier ministre britannique Boris Johnson. De son côté, le Nervtag, conseil consultatif britannique, a conclu que les données actuelles sont insuffisantes pour tirer une quelconque conclusion sur la gravité de la nouvelle souche, estimant que « 4 décès sur environ 1 000 cas ont été identifiés », mais que « d’autres travaux sont nécessaires pour comparer ce taux de mortalité avec des ensembles de données comparables ». Quant à la variante sud-africaine mentionnée plus haut, elle pourrait être pour sa part plus dangereuse, même s’il faut se garder de toute conclusion alarmiste, faute de connaissance suffisante. Celle-ci aurait provoqué des formes sérieuses de la maladie chez des jeunes patients ne présentant pas de comorbidités.

En France, le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique, a estimé le 22 décembre sur RTL que « ce clone infectieux n’est pas plus pathogène » et « ne donne pas des infections plus grave » que les autres variantes. D’après une étude publiée fin novembre dans la revue de référence Nature, des chercheurs ont rappelé que « les mutations récurrentes actuellement en circulation semblent être neutres sur le plan de l’évolution et principalement induites par le système immunitaire humain, via l’édition de l’ARN ». Pour la souche trouvée dans le sud de l’Angleterre, les conclusions sont les mêmes : « la variante est porteuse du N501Y, a priori sans mutation inquiétante », expliquait François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London, le 20 décembre à l’AFP.

La vraie bonne nouvelle, de nature à rassurer les autorités sanitaires, c’est qu’il est très vraisemblable que les vaccins, déjà utilisées ou sur le point de l’être soient efficaces contre la mutation anglaise. « En terme de vaccination, il n’y a pas trop de différence entre ces deux virus. Les vaccins tels qu’ils ont été produits devraient nous protéger », assurait sur RTL le 22 décembre Bruno Lina, membre du Conseil scientifique et professeur de virologie au CHU de Lyon. Et d’ajouter qu’en cas d’altération, les scientifiques pourront réagir rapidement : « On pourrait faire exactement comme pour les vaccins contre la grippe en changeant une partie de la formule. Ce n’est pas très compliqué à faire ».

Les vaccins à ARN, dont le Pfizer-BioNTech déployé en France depuis le dimanche 27 décembre, resteraient efficaces sur cette nouvelle mutation. D’après les modèles développés sur certains animaux, les nouvelles souches du Sars-CoV-2 n’empêcheraient pas l’action des anticorps, souligne Le Figaro. Une information confirmée par le Professeur Benjamin Davido, infectiologue à l’hôpital Raymond Poincaré de Garches et référent vaccin Covid-19, qui s’est exprimé auprès d’Europe 1. « Nous n’avons pas de raison de penser que cela pourrait modifier la réponse à la vaccination, car il ne s’agit pas d’une mutation de l’ensemble de la cible du vaccin. C’est seulement une petite partie. Mais on peut imaginer que l’on passe d’un vaccin d’une efficacité de 95% à une efficacité de 85% », a-t-il déclaré. Des virologues appellent toutefois à vacciner rapidement, pour éviter que le virus ne se propage, continue de muter et devienne imperméable au vaccin. 

Le PDG du laboratoire BioNtech, qui a mis au point le principal vaccin avec Pfizer, assure que son groupe sera capable de fournir un nouveau vaccin « en six semaines » en cas de mutation significative du Covid . Le ministre français de la Santé Olivier Véran a fait savoir, lui-aussi, qu’a priori, « il n’y a pas de raison de penser que le vaccin soit moins efficace ». Une analyse également partagée par l’OMS qui considère pour le moment que cette mutation devrait bien être stoppée par les campagnes de vaccination.

Ravindra Gupta, virologue de l’Université de Cambridge, a néanmoins estimé sur la BBC que « si nous laissons de virus muter davantage, alors nous pouvons commencer à nous inquiéter ». Selon ce professeur qui travaille sur les mutations virales, le SARS-CoV-2 est « potentiellement sur le point de sortir du cadre du vaccin » et a même « fait quelques premiers pas dans cette direction ». Le professeur David Robertson, de l’université de Glasgow, a pour sa part indique que le coronavirus sera à l’avenir « probablement capable de générer des mutations qui contournent le vaccin ». Un scénario que n’a pas écarté Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme américain de vaccination, pour qui « il est impossible d’exclure qu’un jour, quelque part, un virus parvienne à échapper à la réponse protectrice provoquée par le vaccin ». Au fur et à mesure que le virus s’adaptera aux vaccins, il faudra donc aussi que ces derniers évoluent.

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