Mutation du Covid : repérée en France, la nouvelle souche du virus évoquée… – Linternaute.com

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Mutation du Covid : repérée en France, la nouvelle souche du virus évoquée en Conseil de défense mardi

NOUVELLE SOUCHE COVID. Trois jours après la confirmation d’un premier cas du Covid mutant en France, plusieurs contaminations ont été annoncées en Corée du Sud, ce lundi. Alors que cette nouvelle souche du Covid-19 inquiète les autorités sanitaires, un Conseil de défense se réunira ce mardi 29 décembre, en visioconférence, autour d’Emmanuel Macron et de plusieurs membres du gouvernement.

[Mis à jour le 28 décembre 2020 à 17h10] Plus contagieuse, la nouvelle souche du Covid-19 détectée au Royaume-Uni fait l’objet de craintes de la part des experts. Cette mutation a été observée en France le 25 décembre, à Tours plus précisément. Un homme, habituellement domicilié à Londres, a été testé positif mais ne présentait pas de symptômes. Ce mardi 29 décembre, Emmanuel Macron tiendra un conseil de défense en présence de son Premier ministre, Jean Castex, et du ministre de la Santé, Olivier Véran, en visioconférence. À cette occasion, le gouvernement évoquera la situation sanitaire, et notamment ce virus mutant, précise Le Parisien. « À ce jour, plusieurs prélèvements positifs pouvant faire évoquer le variant VOC 202012/01 sont en cours de séquençage par les laboratoires du CNR », a fait savoir le ministère de la Santé dans un communiqué.

La mutation du virus a été détectée dans plusieurs pays, notamment en Italie, au Danemark, en Suède, aux Pays-Bas, au Canada, en Jordanie ou encore au Japon. Ce lundi 28 décembre, les autorités sanitaires de la Corée du Sud ont annoncé que trois cas de la variante B.1.1.7 du Covid-19 avaient été détectés dans la péninsule. Les personnes contaminées sont issues de la même famille et sont basées à Londres. Elles sont arrivées en Corée du Sud le lundi 22 décembre, comme l’a précisé l’Agence coréenne pour le contrôle et la prévention des maladies (KDCA), relayée par l’AFP.  

Concernant les vaccins à ARN, dont le Pfizer-BioNTech déployé en France ce dimanche, ils resteraient efficaces sur cette nouvelle mutation. D’après les modèles développés sur certains animaux, les nouvelles souches du Sars-CoV-2 n’empêcheraient pas l’action des anticorps, souligne Le Figaro. Une information confirmée par le Professeur Bruno Lina, sur RTL ce lundi 28 décembre. « Les premières données montrent que ce virus se comporte exactement comme les autres virus et la réponse immunitaire, des personnes infectées par le coronavirus, protège contre ce virus variant », a souligné le virologue et membre du Conseil scientifique auprès de nos confrères. Et d’ajouter : « Si la réponse immunitaire post-vaccinale nous protège bien contre ce virus, on a de très bonnes chances pour que le vaccin soit efficace pour protéger aussi contre ce virus mutant malgré les quelques modifications qui ont été observées. »

Interrogé sur franceinfo samedi 26 décembre, le professeur Philippe Froguel, généticien et endocrinologue au CHRU de Lille a toutefois alerté sur le fait qu’en Angleterre, ce variant semble « remplacer les autres parce qu’il est plus contagieux ». Comme il se répand plus rapidement, les autres souches du virus vont disparaître. Selon le professeur, « il y a un risque important que ce soit la souche prédominante en Angleterre, voire ailleurs ».

Cette nouvelle forme du virus, découverte au Royaume-Uni, serait donc davantage contagieuse, ce qui fait craindre une reprise épidémique en raison d’une augmentation des cas confirmés. D’après le Premier ministre britannique, cette version mutée serait « jusqu’à 70% plus contagieuse », tandis que le ministre de la Santé, Matt Hancock, a évoqué une variante « hors de contrôle ». Plus mesurée, l’Organisation mondiale de la santé a rejeté l’idée d’un variant hors de contrôle, en indiquant que les taux d’incidence du virus avaient pu être élevés lors de la première vague sans pour autant que la situation n’échappe au contrôle des autorités sanitaires. Même si cette variante ne semble pas engendrer de formes plus graves de la maladie, les pouvoirs publics ont rapidement pris des mesures pour limiter les déplacements de personnes et de marchandises entre l’Hexagone et le Royaume-Uni.

Ce 25 décembre, le ministère de l’Intérieur a fait savoir que les mesures restrictives étaient prises au moins jusqu’au 6 janvier. « Seules certaines catégories de personnes sont autorisées à se déplacer vers la France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, munies d’une attestation de déplacement », a indiqué Beauvau dans communiqué. Par ailleurs, toute personne souhaitant rejoindre l’Hexagone doit également se munir d’un test PCR négatif de moins de 72 heures. Depuis mercredi, et après deux jours de fermeture des frontières, les Français, les ressortissants de l’Espace européen et les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui, soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables, étaient autorisés à revenir en France, avait indiqué le Premier ministre Jean Castex. Voici ce que l’on sait aujourd’hui sur cette nouvelle souche du coronavirus.

La stupeur a saisi le monde entier le samedi 19 décembre, quand les autorités britanniques ont décidé de reconfiner Londres et et le Sud-est du pays en urgence, avec déplacements interdits. En cause, la propagation d’une variante du Covid en Angleterre qui préoccupe les organismes scientifiques et sanitaires du pays. Les virologues britanniques estiment que cette mutation du virus, baptisée B.1.1.7, est apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent. Selon leurs estimations, la mutation serait à l’origine de 62% des contaminations survenues à Londres en décembre et de 43% dans le sud-est, bien plus qu’à la mi-novembre.

Une autre variante très proche, mais vraisemblablement sans rapport a été observée à peu près au même moment en Afrique du Sud. Cette variante n’est à ce stade décrite que comme « une variante similaire » à la souche B.1.1.7 par le ministre de la Santé sud-africain Zwelini Mkhize, dans un communiqué cité par Le Point. Néanmoins, mercredi 23 décembre, le Royaume-Uni a tiré la sonnette d’alarme. « Ce nouveau variant est hautement préoccupant, parce qu’il est plus contagieux et semble avoir muté davantage que le nouveau variant qui a été identifié au Royaume-Uni », a ainsi annoncé le ministre de la Santé Matt Hancock. Des restrictions de voyages ont donc été « immédiatement » prises outre-Manche.

Faut-il parler de variante, de nouvelle souche ou de mutation du coronavirus qui sévit dans le monde depuis novembre 2019 ? Il faut d’abord savoir que le SARS-CoV-2 subit depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d’ARN du virus (l’acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. Ces mutations, qui n’ont généralement aucun impact, peuvent parfois à l’inverse modifier plus sensiblement le virus. On parle alors de variantes ou de nouvelles souches, qui font tous les deux référence à une modification plus structurelle et veulent donc dire peu ou prou le même chose. Parmi elles, la variante D614G est devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du mois de février 2020. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c’est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu 12 000 mutations.

Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, a estimé que la nouvelle variante B.1.1.7, observée en Angleterre en cette fin d’année, présentait 23 changements par rapport au virus. Les premières analyses évoquaient quant à elles 17 mutations, ou altérations potentiellement importantes. Des mutations en nombre « inhabituellement grand » en tout cas, beaucoup étant « associées aux changements dans la protéine que le virus fabrique » et « à la manière dont le virus se lie aux cellules ou les pénètre », selon des propos rapportés par l’AFP. Il s’agit donc bien de mutations qui ont abouti à une nouvelle souche du virus.

Le principal motif d’inquiétude au sujet de la variante B.1.1.7 du coronavirus est que celle-ci serait plus contagieuse encore que la souche dominante à ce jour en Europe. Un premier rapport du Nervtag, le groupe chargé de conseiller le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, laissait entendre dès la mi-décembre que la variante VUI-202012/01 présentait « un avantage sélectif par rapport aux autres variantes » du virus et a connu une « croissance exponentielle pendant une période lors de laquelle des mesures nationales de verrouillage étaient en place ». Surtout, les mutations du coronavirus « portent principalement sur la protéine des Spikes (spicules) », indiquait le rapport, autrement dit les pointes qui se trouvent à sa surface du coronavirus et lui permettent de s’attacher aux cellules pour les pénétrer, jouant donc un rôle clé dans l’infection virale.

Une autre étude menée par plusieurs chercheurs britanniques et publiée sur le forum scientifique Virological.org, laisse elle aussi entendre que cette forme du Covid serait plus contagieuse. Il est question notamment d’une des mutations observées : la mutation N501Y, liée justement aux Spikes du coronavirus. L’une des conclusions des chercheurs est que le coronavirus aurait subi « un nombre étonnamment élevé de modifications génétiques, notamment dans le domaine de la liaison aux récepteurs du virus dans le corps humain ».

Chris Whitty, directeur général de la santé d’Angleterre, a fait part de son inquiétude, dans un communiqué publié le 19 décembre. Il a confirme que « le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et émergentes des virus respiratoires (Nervtag) considère maintenant que cette nouvelle souche peut se propager plus rapidement que les autres variantes du virus ». « Il semble que ce virus [soit] largement plus infectieux que la souche précédente », a abondé le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, le 21 décembre, sur Science Media Centre. Boris Johnson avait indiqué la veille de son côté que la nouvelle mutation pouvait se transmettre  » jusqu’à 70% plus facilement « . « Les éléments de preuve sont encore insuffisants pour permettre de se faire une opinion ferme sur la question de savoir si le virus a réellement augmenté la transmission », a néanmoins déclaré le professeur Jonathan Ball, virologue à l’université de Nottingham, dans des propos repris par la BBC le même jour.

Mardi 22 décembre, des experts américains ont débuté des premières études sur la nouvelle souche du coronavirus et selon ces dernières, il n’y a aucune preuve d’une contagiosité plus élevée. « Il n’y a pas de preuve tangible que ce virus soit effectivement plus contagieux », mais « il y a des preuves claires qu’il est plus répandu dans la population », a fait savoir Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme gouvernemental de vaccination, à l’occasion d’une conférence de presse.

Interrogé sur le sujet, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique en France, estime qu’il faut rester prudent, sans s’alarmer. « La crainte, c’est une véritable mutation de la protéine Spike, c’est-à-dire celle qui permet au virus de s’accrocher. Or, celle décrite par les Anglais porte sur cette protéine, et des données suggèrent que le virus serait plus infectieux. Cela demande à être confirmé. Je ne suis pas inquiet car nous avons déjà levé ce type d’alerte : rappelez-vous les récentes craintes sur les visons » disait-il au Parisien mi-décembre.

Une étude britannique publiée jeudi 24 décembre semble confirmer que cette forme mutante du virus serait plus rapide dans sa transmission.  Une souche « 50% à 74% » plus contagieuse résume l’un des auteurs, Nick Davies, biologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM). L’étude fait part de son inquiétude quant à un nombre de personnes contaminées plus important et donc une forte hausse des hospitalisations. 

Un cas positif a effectivement été détecté en France, vendredi 25 décembre, plus spécifiquement à Tours. La personne contaminée est un homme français, domicilié à Londres et en séjour à Tours depuis le 19 décembre. Asymptomatique, il a été pris en charge par le CHU de Tours et placé à l’isolement. « Il se porte bien », a précisé le ministère de la Santé dans un communiqué mis en ligne le jour de Noël. Le 21 décembre, Emmanuel Macron avait qualifié cette mutation du virus de « problématique ». « On doit redoubler de vigilance. Tout cela montre la complexité du virus, son agressivité, oserais-je dire son inventivité et l’humilité qu’il nous faut toujours avoir », a-t-il déclaré durant une réunion de crise.

Preuve que la découverte de cette mutation du coronavirus préoccupe au sommet de l’État, la France avait choisi de fermer sa frontière aux déplacements avec le Royaume-Uni pour 48 heures le dimanche 20 décembre, afin de se prémunir au maximum d’une contamination sur son sol. Une reprise limitée du flux des personnes du Royaume-Uni vers la France a toutefois été annoncée à l’issue de ces 48 heures. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a également confirmé il y a quelques jours dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. « La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni », expliquait-il dans le quotidien.
La propagation de l’autre variante, détectée en Afrique du Sud, est encore inconnue. De leur côté, les Pays-Bas, la Belgique et l’Italie ont également annoncé la suspension des vols et des trains en provenance du Royaume-Uni et l’Allemagne a « réduit » les liaisons avec le pays. Le 21 décembre, le gouvernement espagnol a annoncé avoir décidé, en accord avec son homologue portugais, de suspendre les vols en provenance du Royaume-Uni. 

Les symptômes de la variante B.1.1.7 du Covid sont-ils plus graves ?

Le ministre de la Santé britannique a indiqué le 20 décembre que « la nouvelle souche (de coronavirus, ndlr) était hors de contrôle », justifiant ainsi les mesures de confinement imposées, mais il a bien précisé que les travaux en cours n’avaient pas pointé de symptômes plus graves. « Rien n’indique qu’il est plus mortel ou qu’il cause une forme plus sévère de la maladie », a également précisé le Premier ministre britannique Boris Johnson. De son côté, le Nervtag, conseil consultatif britannique, a conclu que les données actuelles sont insuffisantes pour tirer une quelconque conclusion sur la gravité de la nouvelle souche, estimant que « 4 décès sur environ 1 000 cas ont été identifiés », mais que « d’autres travaux sont nécessaires pour comparer ce taux de mortalité avec des ensembles de données comparables ». Quant à la variante sud-africaine mentionnée plus haut, elle pourrait être pour sa part plus dangereuse, même s’il faut se garder de toute conclusion alarmiste, faute de connaissance suffisante. Celle-ci aurait provoqué des formes sérieuses de la maladie chez des jeunes patients ne présentant pas de comorbidités.

En France, le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique, a estimé le 22 décembre sur RTL que « ce clone infectieux n’est pas plus pathogène » et « ne donne pas des infections plus grave » que les autres variantes. D’après une étude publiée fin novembre dans la revue de référence Nature, des chercheurs ont rappelé que « les mutations récurrentes actuellement en circulation semblent être neutres sur le plan de l’évolution et principalement induites par le système immunitaire humain, via l’édition de l’ARN ». Pour la souche trouvée dans le sud de l’Angleterre, les conclusions sont les mêmes : « la variante est porteuse du N501Y, a priori sans mutation inquiétante », expliquait François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London, le 20 décembre à l’AFP.

La vraie bonne nouvelle, de nature à rassurer les autorités sanitaires, c’est qu’il est très vraisemblable que les vaccins, déjà utilisées ou sur le point de l’être soient efficaces contre la mutation anglaise. « En terme de vaccination, il n’y a pas trop de différence entre ces deux virus. Les vaccins tels qu’ils ont été produits devraient nous protéger », assurait sur RTL le 22 décembre Bruno Lina, membre du Conseil scientifique et professeur de virologie au CHU de Lyon. Et d’ajouter qu’en cas d’altération, les scientifiques pourront réagir rapidement : « On pourrait faire exactement comme pour les vaccins contre la grippe en changeant une partie de la formule. Ce n’est pas très compliqué à faire ».

Le PDG du laboratoire BioNtech, qui a mis au point le principal vaccin avec Pfizer, assure que son groupe sera capable de fournir un nouveau vaccin « en six semaines » en cas de mutation significative du Covid . Le ministre français de la Santé Olivier Véran a fait savoir, lui-aussi, qu’a priori, « il n’y a pas de raison de penser que le vaccin soit moins efficace ». Une analyse également partagée par l’OMS qui considère pour le moment que cette mutation devrait bien être stoppée par les campagnes de vaccination.

Ravindra Gupta, virologue de l’Université de Cambridge, a néanmoins estimé sur la BBC que « si nous laissons de virus muter davantage, alors nous pouvons commencer à nous inquiéter ». Selon ce professeur qui travaille sur les mutations virales, le SARS-CoV-2 est « potentiellement sur le point de sortir du cadre du vaccin » et a même « fait quelques premiers pas dans cette direction ». Le professeur David Robertson, de l’université de Glasgow, a pour sa part indique que le coronavirus sera à l’avenir « probablement capable de générer des mutations qui contournent le vaccin ». Un scénario que n’a pas écarté Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme américain de vaccination, pour qui « il est impossible d’exclure qu’un jour, quelque part, un virus parvienne à échapper à la réponse protectrice provoquée par le vaccin ». Au fur et à mesure que le virus s’adaptera aux vaccins, il faudra donc aussi que ces derniers évoluent.

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