Variant Covid : cas en France, carte, symptômes, prévention – Le Journal des Femmes

Variant Covid : cas en France, carte, symptômes, prévention – Le Journal des Femmes

Les variants anglais, sud-africain et brésilien du coronavirus « changent la donne » de l’épidémie en France. Un pic est redouté mi-mars en l’absence de nouvelles mesures comme un reconfinement. Combien de cas sont rapportés en France ? Quels sont les symptômes ? Comment se protéger (masque….) ? Que sait-on du variant brésilien ? Infos

[Mise à jour le lundi 25 janvier à 11h18] L’identification de variants émergents du virus Sars-CoV-2, avec une contagiosité supérieure à celle des variants actuellement majoritaires est fortement redoutée en France. Invité sur TF1 le 21 janvier, le ministre de la Santé Olivier Véran a été clair : « Si la situation doit évoluer, si nous sommes sur une pente épidémique à cause du variant britannique, (…) nous pourrions aller jusqu’à un reconfinement« . Dimanche soir 24 janvier sur BFM-TV, le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy, a prévenu que le pays était « dans une semaine critique ». Pour lui «  les variants sont en train de changer la donne depuis trois semaines ». « Si on continue, il y aura 12 %, 14 %, 15 % de variant britannique (parmi les nouveaux cas de Covid, ndlr) dans les semaines qui viennent », a-t-il estimé. Le variant sud-africain est « déjà peut-être autour de 1% » des cas en France. Pas de cas encore lié au variant brésilien dans l’hexagone. L’émergence de nouvelles variantes des virus n’est pas inattendue des scientifiques mais elles peuvent inquiéter dès lors qu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, expliquait l’ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Que sait-on de ces mutations du virus responsable de la Covid-19 ? Sont-ils plus dangereux ? Plus transmissibles chez les enfants ? Peuvent-ils remettre en cause l’efficacité des vaccins ? Comment se protéger ? Point sur les connaissances à date.

Le 21 janvier, Santé Publique France rapporte pour le variant anglais VOC 202012/01 :

  • En Europe : le variant VOC 202012/01 a été identifié dans 23 pays (1300 cas au total). Il est responsable de la majorité des cas de Covid-19 au Royaume-Uni et du reconfinement du pays depuis le 6 janvier. Il est aussi très présent au Portugal qui subit actuellement une deuxième vague beaucoup plus sévère.
courbe évolution covid portugal
Evolution des cas de Covid-19 au Portugal jusqu’au 23 janvier 2021. © Université Johns Hopkins
  • Dans le monde, au 19 janvier 2021, environ 700 cas de COVID-19 avec le variant VOC 202012/01 ont été rapportés dans 60 pays par l’OMS, les pays rapportant le plus de cas étant Israël (147), l’Inde (109) et les États-Unis (92).
carte variant anglais covid europe
Pays de l’UE/EEE ayant rapportés des cas confirmés liés au variant VOC 202012/01 (données au 19 janvier 2021) © ECDC

Pour le variant sud-africain :

  • En Europe, le variant a été détecté dans 10 pays (30 cas) : Allemagne, Autriche, Belgique, Danemark, France, Finlande, Irlande, Norvège, Pays-Bas et Suède.
  • Dans le reste du monde, au 19 janvier 2021, 13 autres pays rapportaient des cas confirmés de COVID-19 avec le variant 501Y.V2. Les pays ayant détecté le plus de cas (hors Afrique du Sud) sont : le Royaume-Uni (54), l’Australie (6) et le Botswana (6).

→ Au 19 janvier, aucun pays de l’Europe n’a rapporté de cas du variant P.1 du Brésil.

« Les variants ne peuvent être contrôlés qu’avec un confinement strict »

En France, le variant anglais représenterait 1 à 2% des cas confirmés soit « 200 à 300 nouveaux cas de Covid-19 par jour«  avait indiqué le ministre de la Santé Olivier Véran le 19 janvier sur France Inter. Il devrait « être majoritaire en France en mars » a prévenu le Pr Arnaud Fontanet le 22 janvier sur France Inter, estimant que ces variants « ne peuvent être contrôlés qu’avec un confinement strict ».

  • Au 21 janvier, Santé Publique France rapporte 131 cas d’infections au variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni) et 10 cas d’infections au variant 501Y.V2 (Afrique du Sud) ont été rapportés en France. Ce décompte n’inclut pas les éventuels cas secondaires, voire tertiaires, recensés lors des investigations et qui n’auraient pas fait l’objet d’un séquençage, précise l’agence.
  • Un ou plusieurs cas confirmés du variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni) sont recensés dans toutes les régions de France métropolitaine, excepté en Bourgogne-Franche-Comté. Aucun n’a été rapporté en Outre-mer.
  • Un ou plusieurs cas confirmés du variant 501Y.V2 (Afrique du Sud) sont recensés dans cinq régions de France métropolitaine (Grand Est, Provence-Alpes-Côte d’Azur, Pays de la Loire, Île-de-France et Auvergne-Rhône-Alpes) et dans une région d’outre-mer (Mayotte) (Figure 10b). Ce variant a aussi été mis en évidence chez un patient comorien, évacué sanitaire à La Réunion. Celui-ci n’est pas comptabilisé dans le nombre total de cas.
carte variant anglais en france
Répartition des cas d’infection de COVID-19 (10a) variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni) et (10b) variant 501Y.V2 (Afrique du Sud), par région*, rapportés à Santé publique France jusqu’au 20 janvier 2021, France © Santé Publique France

Le premier cas associé au variant anglais en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s’agissait d’un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l’infection au variant VOC 202012/01. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. 

Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.  « Il s’agit d’un homme résidant dans le département du Haut-Rhin à proximité de la frontière avec la Suisse. Après un séjour en Afrique du Sud, à la suite de symptômes évocateurs de la Covid19 apparus quelques jours après son retour, il a réalisé un prélèvement RT-PCR en Suisse, qui s’est révélé positif » précise le communiqué. La personne s’est immédiatement isolée à son domicile dès l’apparition des symptômes et est guérie.

Quelles mesures de protection ?

Un système de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage de variant a été mis en place par Santé
publique France et les Centres nationaux de référence, en lien avec les laboratoires d’analyses.

  • Compte tenu de l’évolution de la pandémie au Royaume-Uni, seules sont autorisées à se déplacer en France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, les Français et les ressortissants de l’Espace européen ; les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables. Les déplacements des catégories de personnes concernées seront systématiquement soumis à l’obligation de disposer du résultat d’un test Covid 19 (PCR ou antigénique) négatif réalisé sur le territoire britannique et datant de moins de 72 heures.
  • A partir du 24 janvier, un test PCR sera obligatoire pour les voyageurs européens voulant rentrer en France par avion (sauf les travailleurs transfrontaliers et les voyages terrestres).
  • Il est recommandé d’éviter le port de masque en tissu fait-maison et de privilégier les masques en tissu Afnor de catégorie 1 (ou de masque FFP2 encore plus filtrant mais moins respirant).
  • Il est recommandé de respecter une distance sociale de 2 mètres plutôt qu’un mètre jusqu’ici recommandé.

L’Angleterre a annoncé le 14 décembre qu’une version mutée du virus Sars-CoV-2 était présente sur son territoire et qu’elle serait responsable de l’accélération de l’épidémie Covid-19 dans le sud-est du pays. Selon les données transmises à l’OMS par les autorités britanniques, l’arrivée de la nouvelle souche a coïncidé avec une augmentation du taux de reproduction du virus de 1,1 à 1,5 – une personne en infecte une et demie en moyenne. Cette nouvelle souche plus contagieuse a rapidement inquiété les autorités. Plusieurs pays ont fermé leurs frontières avec le Royaume-Uni ou restreint leurs conditions d’entrée, dont la France. Selon Santé Publique France, « aucun élément n’indique à ce jour qu’il serait à l’origine de formes plus sévères chez les personnes infectées ou qu’il pourrait échapper à la réponse immunitaire ».

Courbe d’évolution des cas de Covid-19 au Royaume-Uni jusqu’au 22 janvier 2021.

Courb d'évolution des cas de Covid-19 au Royaume-Uni
Le premier cas de COVID-19 au Royaume-Uni a été signalé il y a 356 jours le 31/01/2020. © Université Johns Hopkins

• Quel est le nom du variant anglais ?

La nouvelle souche du coronavirus Sars-CoV-2 retrouvée en Angleterre a été nommée dans un premier temps « VUI-202012/01 » (V pour « Variant / U pour « Under » / I pour « Investigation ») pour « première variante investiguée en décembre 2020 » et « 202012/01 » pour « décembre 2020 ». et « 01 » pour « premier ». Il a été rebaptisé Variant of Concern (VOC) 202012/01. Ce VOC fait partie du lignage B.1.1.7.

• Quelle est son origine ?

Cette nouvelle souche de la Covid-19 serait apparue en Angleterre selon Nick Loman, professeur de génomique microbienne et de bio-information à l’Université de Birmingham. Lors d’un briefing du Science Media Center le 15 décembre, il a indiqué que cette variante avait été repérée pour la première fois fin septembre. Selon lui, « il n’y a pas de données suggérant qu’elle a été importée de l’étranger, il est donc probable qu’elle ait évolué au Royaume-Uni ». C’est le Consortium COG-UK qui a repéré cette nouvelle souche du coronavirus. Ce consortium a été mis en place en avril 2020 en Angleterre dans le cadre de la pandémie Covid-19 pour analyser et séquencer de façon aléatoire des échantillons positifs de Covid-19 dans tout le Royaume-Uni. Ce consortium travaille avec les quatre agences de santé publiques du pays et plusieurs établissements universitaires. Cette mutation n’est pas la première du virus SARS-CoV-2. « C’est un virus à ARN et des mutations surviennent naturellement lorsque le virus se réplique, expliquent les auteurs d’un article publié le 16 décembre sur cette mutation, dans le BMJ. Plusieurs milliers de mutations sont déjà apparues, mais seule une très petite minorité est susceptible d’être importante et de modifier le virus de manière appréciable. COG-UK dit qu’il existe actuellement environ 4000 mutations dans la protéine de pointe. »

Le variant anglais a « une transmissibilité nettement plus élevée que les précédents virus SARS-CoV-2 ».

Quelle est sa contagion ?

Selon les données transmises à l’OMS par les autorités britanniques, l’arrivée de la nouvelle souche a coïncidé avec une augmentation du taux de reproduction du virus de 1,1 à 1,5 en Angleterre – une personne en infecte une et demie en moyenne. Un article publié dans le journal médical britannique BMJ le 16 décembre a précisé que cette version mutée du Sars-CoV-2 est définie par un ensemble de 17 mutations. « L’une des plus importantes est une mutation N501Y dans la protéine de pointe que le virus utilise pour se lier au récepteur ACE2 humain, expliquent les auteurs. Les changements dans cette partie de la protéine de pointe peuvent, en théorie, faire en sorte que le virus devienne plus infectieux et se propage plus facilement entre les personnes. »  Sur le plateau de BFM-TV le 11 janvier, le Pr Arnaud Fontanet, épidémiologiste de l’Institut Pasteur a confirmé que ce variant « change complètement la donne » car il « se répand plus rapidement, 50% de plus que les autres souches ». Ce que confirme Santé Publique France le 14 janvier tout en se montrant rassurant : « À ce jour, il n’y a pas d’élément en faveur d’une plus grande sévérité des cas induits par ce variant. Cependant, il se distingue des virus circulants par une capacité de diffusion plus importante. »

Les autorités sud-africaines ont indiqué le 18 décembre 2020 qu’une nouvelle souche de Covid-19, plus contagieuse, circulait à grande échelle dans le pays. Les résultats des séquençages génétiques indiquent la présence de ce variant en Afrique du Sud depuis novembre. Aujourd’hui, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. « Des travaux préliminaires suggèrent la possibilité d’une transmissibilité plus élevée mais, comme le variant anglais, aucun élément n’indique à ce jour qu’il serait à l’origine de formes plus sévères chez les personnes infectées ou qu’il pourrait échapper à la réponse immunitaire » indique Santé Publique France dans son point hebdomadaire du 21 janvier.

Courbe d’évolution des cas de Covid-19 en Afrique du Sud jusqu’au 22 janvier 2021.

courbe cas covid afrique du sud
Le premier cas de COVID-19 en Afrique du Sud a été signalé il y a 322 jours le 05/03/2020. Depuis lors, le pays a signalé 1 231 597 cas et 33 163 décès. © Université Johns Hopkins

Quel est son nom ?

La version mutée du virus Sars-CoV-2 repérée en Afrique du Sud est nommée « 501.V2 » du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S du virus. Ce virus est différent du variant anglais.

D’où vient-il ?

Le variant 501.V2 est apparu en Afrique du Sud après la première vague épidémique dans une zone métropolitaine gravement touchée, Nelson Mandela Bay, située sur la côte de la province du Cap oriental. Il s’est répandu rapidement pour devenir dominant dans les provinces du Cap oriental et du Cap occidental.

Quelle est sa contagion ?

Dans un document du 18 décembre 2020, le ministère d’Afrique du Sud confirme que la variante 501.V2 est associée à une charge virale plus élevée ce qui peut se traduire par une plus grande transmission et par un taux de reproduction (R) plus élevé. « Pendant que d’autres virus se transmettent, cette variante se transmet plus rapidement. Cela peut se traduire par une deuxième vague qui aura plus beaucoup plus de cas que la première » expliquent les auteurs.

Le Japon qui fait face à une troisième vague épidémique du coronavirus a décelé un nouveau variant sur son territoire, venu du Brésil. Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l’OMS la détection d’un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Après étude du génome, l’Institut japonais de recherche sur les maladies infectieuses a indiqué qu’il présentait des similitudes avec les variants découverts au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Ce variant comporte deux mutations biologiquement importantes : la mutation E484K, retrouvée sur le variant VOC 202012/01, et la mutation N501Y, retrouvée sur le variant 501Y.V2. Le 12 janvier 2021, une étude en prépublication réalisée par une équipe anglaise et brésilienne a décrit l’émergence de ce variant au mois de décembre dans la région de Manaus, où il était présent dans 42% des PCR positives (13 échantillons sur 31). Une seconde étude disponible en prépublication le 26 décembre 2020 indique que ce variant aurait émergé fin juillet 2020 et a été détecté pour la première fois à Rio de Janeiro fin octobre 2020.

  « Les données actuelles ne permettent pas de savoir s’il est associé à un potentiel de transmission plus élevé ou une forme plus sévère de la maladie » informe Santé Publique France le 21 janvier.

Courbe d’évolution des cas de Covid-19 au Brésil jusqu’au 22 janvier 2021.

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Le premier cas de Covid-19 au Brésil a été rapporté il y a 330 jours le 26 février 2020. © Universiyé Johns Hopkins

La mutation d’un virus ne signifie pas forcément qu’il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité peut s’élever. Concernant la souche anglaiseSusan Hopkins, conseillère médicale dans deux agences de santé britanniques, a déclaré qu’il n’y avait « actuellement aucune preuve que cette souche provoque une maladie plus grave ».  Ce que confirme le Conseil Scientifique du Covid en France dans un Avis du 12 janvier : « Le variant VOC a une capacité de transmission plus élevée mais il n’est pas plus pathogène. » Du côté du variant sud-africain, « on sait qu’il est plus contagieux, on a moins de données sur les symptômes mais nous n’avons pas à ce stade de raison de penser qu’il entraîne davantage de formes graves » a indiqué Olivier Véran. Enfin, pour le variant brésilien, « les données actuelles ne permettent pas de savoir s’il est associé à un potentiel de transmission plus élevé ou une forme plus sévère de la maladie » informe Santé Publique France le 21 janvier.

Pour l’heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais VUI-202012/01 sont exactement les mêmes que lors d’une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l’odorat, difficultés respiratoires, etc…).

Aucune certitude pour le moment mais selon une étude de l’Imperial College de Londres rapportée par la BBC, il semblerait qu’au Royaume-Uni, les enfants soient davantage contaminés par la variante VUI-202012/01. Ce qui pourrait expliquer pourquoi le Premier ministre anglais a décidé de ne pas rouvrir les écoles après les fêtes de fin d’année. Confirmant que cette variante est « énormément » plus transmissible, les auteurs rapportent que les premières observations montraient que le virus se propage plus rapidement chez les moins de 20 ans, en particulier chez les enfants. Mais les toutes dernières données indiquent qu’il se répand rapidement dans tous les groupes d’âge, selon le professeur Axel Gandy, membre de l’équipe de recherche, interrogé par la BBC. Des recherches supplémentaires sont en cours sur la nature spécifique de tout changement dans la façon dont le virus affecte les plus jeunes.

La réponse n’est pas encore assurée mais selon le Conseil scientifique du Covid en France « les vaccins à ARNm (comme Pfizer et Moderna) semblent être actifs de façon comparable contre le variant VOC (anglais) ». Le 14 janvier, Olivier Véran a confirmé que « le variant (anglais) est sensible au vaccin ce qui est une bonne nouvelle ». Concernant la souche sud-africaine, les membres du Conseil scientifique indique qu’il est « peut être moins sensible à la protection vaccinale ».

Le 19 janvier, le site France-Diplomatie du gouvernement explique qu’une « stricte limitation des déplacements s’impose pour ralentir la progression de l’épidémie dans le monde, du fait de la circulation très active du virus de COVID-19 et de ses variants ». En conséquence, tout déplacement international – depuis l’étranger vers la France et de France vers l’étranger – est totalement et strictement déconseillé jusqu’à nouvel ordre.  A partir du 24 janvier, un test PCR négatif sera obligatoire pour rentrer en France pour les voyageurs arrivant par avion depuis un pays européen (sauf travailleurs transfrontaliers).

  • A compter du 18 janvier 2021, en application du décret n°2021-31 du 15 janvier 2021, les voyageurs de onze ans ou plus souhaitant venir en France en provenance d’un pays extérieur à l’espace européen (Union européenne, Andorre, Islande, Liechtenstein, Monaco, Norvège, Saint-Marin, Saint-Siège et Suisse) devront présenter le résultat d’un examen biologique de dépistage virologique (RT-PCR) ne concluant pas à une contamination par le COVID-19, réalisé moins de 72 heures avant le vol.
  • Tout passager devra également présenter à l’embarquement une déclaration sur l’honneur attestant qu’il n’a pas de symptôme d’infection à la covid-19, qu’il n’a pas connaissance d’avoir été en contact avec un cas confirmé de Covid-19 dans les quatorze jours précédant le voyage, et qu’il s’engage sur l’honneur à s’isoler pendant sept jours une fois arrivé en France, puis à refaire un deuxième test de dépistage virologique (RT-PCR) à l’issue de cette période de sept jours.
  • Les voyageurs devant se rendre en France pour motif impérieux, en provenance de pays où le test de dépistage virologique (RT-PCR) ne pourra pas être réalisé avant le départ, devront solliciter au consulat une dispense de présentation de ce test au départ et se verront imposer un test à l’arrivée en France. Ils devront rester à l’isolement pendant sept jours dans un un hôtel figurant sur une liste arrêtée par les autorités françaises. 

Sources

Avis du Conseil scientifique Covid-19 « Entre vaccins et variants : une course contre la montre ». 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 – Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.

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