Variant Covid : nom, définition, symptômes, en France – Le Journal des Femmes

Variant Covid : nom, définition, symptômes, en France – Le Journal des Femmes

Les nouveaux cas de variants anglais du Covid augmentent en France ce qui fait craindre une accélération de l’épidémie. Celui venu d’Afrique du Sud inquiète aussi car il est « peut être moins sensible à la protection vaccinale » indique le Conseil scientifique du Covid. Combien de cas à date ? Quels sont les symptômes ? Que sait-on du variant brésilien ?

[Mise à jour le vendredi 15 janvier à 18h14] Les virus mutent constamment. Le coronavirus Sars-CoV-2 aussi. L’émergence de nouvelles variantes n’est donc pas inattendue des scientifiques mais elles peuvent inquiéter dès lors qu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, explique l’ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. C’est ce qui se passe en Angleterre où un variant baptisé « VOC 202012/01 » (ou « B.1.1.7 ») a causé une envolée des cas de Covid-19 à tel point que le pays a dû entièrement se reconfiner le 6 janvier. Dans le monde, au total, 50 pays ont rapporté au 12 janvier 2021 des cas confirmés de COVID-19 avec le variant VOC 202012/01, contre 38 pays la semaine précédente. Selon les données disponibles à l’OMS, tous les continents rapportent officiellement des cas confirmés avec ce variant, sauf encore l’Afrique. Beaucoup plus contagieux, ce variant représenterait 1 à 2% des cas confirmés en France aujourd’hui et il « devrait rapidement se développer dans les semaines qui viennent » prévoit le Conseil Scientifique du Covid dans un Avis du 12 janvier. « Limitation aux frontières, renforcement de notre capacité de traçage et maintien absolu des gestes barrières, nous devons plus que jamais être vigilants » a indiqué Olivier Véran sur son compte Twitter le 15 janvier. Le ministre a par ailleurs indiqué le 14 janvier que « pour 100 cas de coronavirus en France, entre 1 et 1.5 corresponde au variant anglais » (entre 200 et 300 contaminations nouvelles par jour). Le variant anglais est « 30 à 70% plus contagieux » informe-t-il et « aussi potentiellement plus contagieux chez les enfants » sans « donner davantage de formes graves ». Un second variant est aussi suivi de près, venant d’Afrique du Sud (501.V2). 20 pays dans le monde rapportaient des cas confirmés Covid-19 avec le variant 501Y.V2 contre 10 la semaine dernière. Dans un Avis du 12 janvier, le Conseil scientifique du Covid estime « urgent de mettre en place une surveillance similaire à celle du variant VOC pour le variant sud-africain pour lequel on possède moins de données ». Un troisième venu du Brésil est actuellement analysé au JaponQue sait-on de ces mutations du virus responsable de la Covid-19 ? Sont-ils plus dangereux ? Plus transmissibles chez les enfants ? Peuvent-ils remettre en cause l’efficacité des vaccins ? Point sur les connaissances à date.

Plusieurs clusters de contaminations au variant anglais VOC 202012/01 ont été confirmés en France par tests PCR ou antigéniques depuis le début du mois de janvier. Un total de 66 cas d’infection à ce variant et 3 du variant détecté en Afrique du Sud ont été rapportés en France, indique Santé Publique France dans son point du 14 janvier. Selon les premiers résultats des autorités sanitaires, les cas de Covid-19 liés au variant anglais VOC 202012/01 pourraient représenter 1 à 2 % des cas actuellement recensés en France« Ce variant (…) devrait rapidement se développer dans les semaines qui viennent » prévoit le Conseil Scientifique du Covid dans un Avis du 12 janvier.

Le premier cas associé au variant anglais en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s’agissait d’un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l’infection au variant VOC 202012/01. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. 

carte variant anglais en france
Répartition des cas d’infection de COVID-19 variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni), par région*, rapportés à Santé publique France jusqu’au 13 janvier 2021 inclus, France © Santé Publique France

Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.  « Il s’agit d’un homme résidant dans le département du Haut-Rhin à proximité de la frontière avec la Suisse. Après un séjour en Afrique du Sud, à la suite de symptômes évocateurs de la Covid19 apparus quelques jours après son retour, il a réalisé un prélèvement RT-PCR en Suisse, qui s’est révélé positif » précise le communiqué. La personne s’est immédiatement isolée à son domicile dès l’apparition des symptômes et est guérie.

Un système de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage de variant a été mis en place par Santé
publique France et les Centres nationaux de référence, en lien avec les laboratoires d’analyses. Compte tenu de l’évolution de la pandémie au Royaume-Uni, seules sont autorisées à se déplacer en France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, les Français et les ressortissants de l’Espace européen ; les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables. Les déplacements des catégories de personnes concernées seront systématiquement soumis à l’obligation de disposer du résultat d’un test Covid 19 (PCR ou antigénique) négatif réalisé sur le territoire britannique et datant de moins de 72 heures.

→ L’ECDC et l’OMS estiment qu’à ce stade de l’évolution de la circulation des nouveaux variants, la comparaison du nombre de cas entre pays n’est pas pertinente puisqu’elle est très dépendante des capacités laboratoires et de la capacité de détection des variants de chaque pays. En effet, les variants peuvent déjà circuler sans que les pays aient été en mesure de les identifier.

L’Angleterre a annoncé le 14 décembre qu’une version mutée du virus Sars-CoV-2 était présente sur son territoire et qu’elle serait responsable de l’accélération de l’épidémie Covid-19 dans le sud-est du pays. Selon les données transmises à l’OMS par les autorités britanniques, l’arrivée de la nouvelle souche a coïncidé avec une augmentation du taux de reproduction du virus de 1,1 à 1,5 – une personne en infecte une et demie en moyenne. Cette nouvelle souche plus contagieuse a rapidement inquiété les autorités. Plusieurs pays ont fermé leurs frontières avec le Royaume-Uni ou restreint leurs conditions d’entrée, dont la France. Selon Santé Publique France, « aucun élément n’indique à ce jour qu’il serait à l’origine de formes plus sévères chez les personnes infectées ou qu’il pourrait échapper à la réponse immunitaire ».

Courbe d’évolution des cas de Covid-19 au Royaume-Uni jusqu’au 10 janvier 2021.

Courb d'évolution des cas de Covid-19 au Royaume-Uni
Le premier cas de COVID-19 au Royaume-Uni a été signalé il y a 345 jours le 31/01/2020. Depuis lors, le pays a signalé 3 081 368 cas et 81 567 décès. © Université Johns Hopkins

• Quel est le nom du variant anglais ?

La nouvelle souche du coronavirus Sars-CoV-2 retrouvée en Angleterre a été nommée dans un premier temps « VUI-202012/01 » (V pour « Variant / U pour « Under » / I pour « Investigation ») pour « première variante investiguée en décembre 2020 » et « 202012/01 » pour « décembre 2020 ». et « 01 » pour « premier ». Il a été rebaptisé Variant of Concern (VOC) 202012/01. Ce VOC fait partie du lignage B.1.1.7.

• Quelle est son origine ?

Cette nouvelle souche de la Covid-19 serait apparue en Angleterre selon Nick Loman, professeur de génomique microbienne et de bio-information à l’Université de Birmingham. Lors d’un briefing du Science Media Center le 15 décembre, il a indiqué que cette variante avait été repérée pour la première fois fin septembre. Selon lui, « il n’y a pas de données suggérant qu’elle a été importée de l’étranger, il est donc probable qu’elle ait évolué au Royaume-Uni ». C’est le Consortium COG-UK qui a repéré cette nouvelle souche du coronavirus. Ce consortium a été mis en place en avril 2020 en Angleterre dans le cadre de la pandémie Covid-19 pour analyser et séquencer de façon aléatoire des échantillons positifs de Covid-19 dans tout le Royaume-Uni. Ce consortium travaille avec les quatre agences de santé publiques du pays et plusieurs établissements universitaires. Cette mutation n’est pas la première du virus SARS-CoV-2. « C’est un virus à ARN et des mutations surviennent naturellement lorsque le virus se réplique, expliquent les auteurs d’un article publié le 16 décembre sur cette mutation, dans le BMJ. Plusieurs milliers de mutations sont déjà apparues, mais seule une très petite minorité est susceptible d’être importante et de modifier le virus de manière appréciable. COG-UK dit qu’il existe actuellement environ 4000 mutations dans la protéine de pointe. »

Le variant anglais a « une transmissibilité nettement plus élevée que les précédents virus SARS-CoV-2 ».

Quelle est sa contagion ?

Selon les données transmises à l’OMS par les autorités britanniques, l’arrivée de la nouvelle souche a coïncidé avec une augmentation du taux de reproduction du virus de 1,1 à 1,5 en Angleterre – une personne en infecte une et demie en moyenne. Un article publié dans le journal médical britannique BMJ le 16 décembre a précisé que cette version mutée du Sars-CoV-2 est définie par un ensemble de 17 mutations. « L’une des plus importantes est une mutation N501Y dans la protéine de pointe que le virus utilise pour se lier au récepteur ACE2 humain, expliquent les auteurs. Les changements dans cette partie de la protéine de pointe peuvent, en théorie, faire en sorte que le virus devienne plus infectieux et se propage plus facilement entre les personnes. »  Sur le plateau de BFM-TV le 11 janvier, le Pr Arnaud Fontanet, épidémiologiste de l’Institut Pasteur a confirmé que ce variant « change complètement la donne » car il « se répand plus rapidement, 50% de plus que les autres souches ». Ce que confirme Santé Publique France le 14 janvier tout en se montrant rassurant : « À ce jour, il n’y a pas d’élément en faveur d’une plus grande sévérité des cas induits par ce variant. Cependant, il se distingue des virus circulants par une capacité de diffusion plus importante. »

Les autorités sud-africaines ont indiqué le 18 décembre 2020 qu’une nouvelle souche de Covid-19, plus contagieuse, circulait à grande échelle dans le pays depuis plusieurs semaines. Le président Cyril Ramaphosa a déclaré le 14 décembre que l’Afrique du Sud connaissait une seconde vague d’épidémie de la Covid-19. Le 28 décembre, il a annoncé un renforcement des mesures de confinement. Les personnes de plus de 11 ans en provenance de l’Afrique du Sud doivent présenter un résultat de test PCR négatif, réalisé moins de 72 heures avant le départ pour la France, avant l’embarquement. Sans la présentation du test PCR négatif de moins de 72 heures, il n’est pas possible d’embarquer.

Courbe d’évolution des cas de Covid-19 en Afrique du Sud jusqu’au 10 janvier 2021.

courbe cas covid afrique du sud
Le premier cas de COVID-19 en Afrique du Sud a été signalé il y a 311 jours le 05/03/2020. Depuis lors, le pays a signalé 1 231 597 cas et 33 163 décès. © Université Johns Hopkins

Quel est son nom ?

La version mutée du virus Sars-CoV-2 repérée en Afrique du Sud est nommée « 501.V2 » du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S du virus. Ce virus est différent du variant anglais.

D’où vient-il ?

Le variant 501.V2 est apparu en Afrique du Sud après la première vague épidémique dans une zone métropolitaine gravement touchée, Nelson Mandela Bay, située sur la côte de la province du Cap oriental. Il s’est répandu rapidement pour devenir dominant dans les provinces du Cap oriental et du Cap occidental.

Quelle est sa contagion ?

Dans un document du 18 décembre 2020, le ministère d’Afrique du Sud confirme que la variante 501.V2 est associée à une charge virale plus élevée ce qui peut se traduire par une plus grande transmission et par un taux de reproduction (R) plus élevé. « Pendant que d’autres virus se transmettent, cette variante se transmet plus rapidement. Cela peut se traduire par une deuxième vague qui aura plus beaucoup plus de cas que la première » expliquent les auteurs.

Le Japon qui fait face à une troisième vague épidémique du coronavirus a décelé un nouveau variant sur son territoire. Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l’OMS la détection d’un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Après étude du génome, l’Institut japonais de recherche sur les maladies infectieuses a indiqué qu’il présentait des similitudes avec les variants découverts au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Ce variant comporte 12 mutations, dont 3 retrouvées dans les variants VOC 202012/01 et 501Y.V2 (mutations: K417N/T, E484K et N501Y). Par ailleurs, les chercheurs brésiliens rapportent en parallèle l’émergence d’un variant similaire avec la mutation E484K qui a probablement évolué indépendamment de la variante détectée chez les voyageurs japonais.

« Le variant VOC a une capacité de transmission plus élevée mais il n’est pas plus pathogène. »

La mutation d’un virus ne signifie pas forcément qu’il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité peut s’élever. Concernant la souche anglaiseSusan Hopkins, conseillère médicale dans deux agences de santé britanniques, a déclaré qu’il n’y avait « actuellement aucune preuve que cette souche provoque une maladie plus grave ».  Ce que confirme le Conseil Scientifique du Covid en France dans un Avis du 12 janvier : « Le variant VOC a une capacité de transmission plus élevée mais il n’est pas plus pathogène. » Du côté du variant sud-africain, « on sait qu’il est plus contagieux, on a moins de données sur les symptômes mais nous n’avons pas à ce stade de raison de penser qu’il entraîne davantage de formes graves » a indiqué Olivier Véran.

Pour l’heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais VUI-202012/01 sont exactement les mêmes que lors d’une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l’odorat, difficultés respiratoires, etc…).

Aucune certitude pour le moment mais selon une étude de l’Imperial College de Londres rapportée par la BBC, il semblerait qu’au Royaume-Uni, les enfants soient davantage contaminés par la variante VUI-202012/01. Ce qui pourrait expliquer pourquoi le Premier ministre anglais a décidé de ne pas rouvrir les écoles après les fêtes de fin d’année. Confirmant que cette variante est « énormément » plus transmissible, les auteurs rapportent que les premières observations montraient que le virus se propage plus rapidement chez les moins de 20 ans, en particulier chez les enfants. Mais les toutes dernières données indiquent qu’il se répand rapidement dans tous les groupes d’âge, selon le professeur Axel Gandy, membre de l’équipe de recherche, interrogé par la BBC. Des recherches supplémentaires sont en cours sur la nature spécifique de tout changement dans la façon dont le virus affecte les plus jeunes.

La réponse n’est pas encore assurée mais selon le Conseil scientifique du Covid en France « les vaccins à ARNm (comme Pfizer et Moderna) semblent être actifs de façon comparable contre le variant VOC (anglais) ». Le 14 janvier, Olivier Véran a confirmé que « le variant (anglais) est sensible au vaccin ce qui est une bonne nouvelle ». Concernant la souche sud-africaine, les membres du Conseil scientifique indique qu’il est « peut être moins sensible à la protection vaccinale ».

Sources

Avis du Conseil scientifique Covid-19 « Entre vaccins et variants : une course contre la montre ». 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 – Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.

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