Variant du Covid : une première idée des régions où il circulerait… – Linternaute.com

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Variant du Covid : une première idée des régions où il circulerait le plus

MUTATION COVID. Entre 1 et 2% des nouveaux cas et entre 200 et 300 personnes contaminées par jour. C’est le rythme de progression du variant anglais du Covid selon les premières données de Santé publique France et selon le ministre de la Santé Olivier Véran lui même…

[Mis à jour le 18 janvier 2021 à 11h53] Le variant VOC 202012/01 du coronavirus circule bel et bien en France et ce depuis plusieurs semaines déjà. C’est la conclusion que suggère Santé publique France dans son dernier point épidémiologique daté du 14 janvier, qui dénombrait « 69 cas d’infection à des variants émergents », dont « 66 cas du variant VOC 202012/01 (Royaume-Uni) et 3 cas du variant 501Y.V2 (Afrique du Sud) ». Ces chiffres ayant du retard (patients prélevés entre le 13 décembre 2020 et le 4 janvier 2021), ils impliquent donc que le variant du Covid s’est sans doute propagé de manière plus importante encore dans l’Hexagone depuis les fêtes.

Le point de Santé publique France a aussi rendu publiques des données régionales partielles sur la propagation des variants du Covid en France. Si elles sont à prendre avec des pincettes, elles indiquent que Bourgogne-Franche Comté, Pays de la Loire et Ile-de-France présenteraient le plus de résultats « discordants » parmi un échantillon de tests RT-PCR, respectivement 11,1%, 6,4% et 5,7%, alors que ce taux serait nul en Corse et dans les régions Grand Est, Nouvelle Aquitaine et Normandie (voir les explications et tous les chiffres ci-dessous). D’après le ministre de la Santé Olivier Véran, qui s’exprimait lors de la grande conférence de presse du gouvernement jeudi dernier, « 200 à 300 personnes » seraient chaque jour contaminées en France par la souche britannique du virus. « Le VOC 2020, détecté en Angleterre, est potentiellement plus contagieux et potentiellement plus contagieux chez les enfants », a aussi fait savoir le ministre, tout en précisant que le vaccin était compatible avec cette mutation virulente.

Un variant dominant en France dès le mois de mars ?

Selon Santé publique France toujours, le variant du Covid représenterait 1 à 2% des tests positifs en France. Mais d’après plusieurs scientifiques, cette part pourrait rapidement franchir les 50%. Interrogée par Le Monde ce week-end, l’épidémiologiste Vittoria Colizza a très clairement alerté sur l’aggravation prochaine de la situation épidémique. « La situation va rapidement devenir assez critique. Étant donné que ce variant est plus contagieux, il pourrait devenir dominant dès le mois de mars », avertit la directrice de recherche à l’Inserm, qui ajoute que c’est « dès maintenant qu’il faut s’en inquiéter, car à ce moment-là, l’incidence sera très élevée et la circulation du virus bien plus difficile à contrôler ». Arnaud Fontanet, épidémiologiste et membre du Conseil scientifique, prédit lui aussi une « poussée » de l’épidémie probable en mars dans Le Parisien. Le Pr Yazdan Yazdanpanah, chef des maladies infectieuses à l’hôpital Bichat (AP-HP), estime également que le variant britannique pourrait devenir prédominant « en mars-avril » sur BFMTV.

En plus des deux variants en France, un troisième variant brésilien « inquiétant », selon l’OMS, a été retrouvé au Japon. Tous ont un point commun : une propagation extrêmement rapide dans les régions touchées. Ce jeudi 14 janvier, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) réunissait en urgence son comité d’experts, deux semaines avant la date prévue, pour évoquer cette nouvelle menace. « Un débat urgent » qui a abouti à des recommandations. Dans une conférence de presse, le comité d’urgence a appelé les gouvernements à étendre le séquençage du génome des variants, tout en partageant plus largement les données pour une plus grande collaboration scientifique à l’échelle mondiale. Les experts ont également préconisé que les campagnes de vaccinations soient en marche dans tous les pays du monde dans les 100 prochains jours, tout en se disant opposés « pour le moment » à l’instauration de certificats de vaccination contre le Covid-19 comme condition des voyages internationaux. Voici les principales questions qui se posent sur ces variants et les réponses qu’on peut y apporter à ce stade.

C’est à Tours que le premier cas positif au variant britannique a été détecté en France, vendredi 25 décembre. La personne contaminée est un homme français, domicilié à Londres, qui était en séjour à Tours depuis le 19 décembre. Asymptomatique, il a été pris en charge par le CHU de Tours et placé à l’isolement. « Il se porte bien », a précisé le ministère de la Santé dans un communiqué mis en ligne le jour de Noël. Depuis, il est apparu que le variant britannique s’est propagé sur le territoire, très probablement bien avant sa détection. Ce qui a fait dire au président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy, invité de France Info le 13 janvier, qu’il était d’ores et déjà trop tard pour empêcher complètement cette mutation du Covid de circuler dans l’Hexagone. « On ne peut que le ralentir, on ne peut plus bloquer ce variant anglais », a-t-il assuré, se disant « très préoccupé ».

Les autorités sanitaires ont en tout cas lancé dans les premiers jours de janvier une grande enquête nationale baptisée « Flash » dans le but de « faire une première cartographie » de la propagation des variants du Covid. Cette enquête a été proposée « à tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) publics et privés par le CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoire associé de Lyon, Pr Bruno Lina) et Santé publique France », indique le point épidémiologique du 14 janvier dernier. « L’objectif de cette enquête, conduite les 7 et 8 janvier 2021 en collaboration avec un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes, était d’identifier, parmi les prélèvements avec résultat de RT-PCR COVID-19 positif, d’éventuels cas d’infection au variant VOC 202012/01 du SARS-CoV-2 ».

Les résultats préliminaires de cette enquête, portant sur 7454 tests positifs venus de 89 laboratoires, soit un quart des tests positifs au niveau national, ont montré que les cas de Covid liés au variant VOC 202012/01 « pourraient représenter 1 à 2 % des cas actuellement recensés en France », écrit ce même document de Santé publique France. Un détail de cette enquête par région a aussi été présenté, mais avec un certain nombre de mises en garde. Le tableau de Santé publique France reproduit ci-dessous correspond aux résultats préliminaires de la première étape de l’enquête, consistant en une « identification d’échantillons avec un résultat discordant ». Ces données ne sont pas consolidées et les activités de séquençage étaient toujours en cours sur ces échantillons au moment de sa publication. Reste que les disparités semblent déjà importantes entre les régions. Sur l’échantillon analysé, 5,7% des tests positifs se sont montrés « discordants » en Ile-de-France, contre moins d’1 % pour la Bretagne et même 0 pour plusieurs régions.

Proportion de résultats de RT-PCR discordants, par région du laboratoire préleveur, Enquête Flash, 07-08 janvier 2021, France métropolitaine

Région du laboratoire préleveur RT-PCR discordantes (%)
Bourgogne-Franche Comté 11,1
Pays de la Loire 6,4
Île-de-France 5,7
Provence-Alpes-Côte d’Azur 4,6
Centre-Val de Loire 4,1
Auvergne-Rhône-Alpes 3,2
Occitanie 2,9
Hauts de France 1,9
Bretagne 0,9
Corse 0
Grand Est 0
Nouvelle Aquitaine 0
Normandie 0
France (non attribuable) ** 0,9
Total France métropolitaine 3,8

Dans les territoires, une surveillance accrue a aussi été mise en place pour évaluer la propagation des variants du Covid : alors que Roubaix a conclu le samedi 16 janvier une vaste campagne de dépistage d’une semaine pour retrouver la souche anglaise, l’Île-de-France a démarré sa propre campagne le même jour dans plusieurs villes de la région, après qu’un cas positif au variant sud-africain a été détecté dans le Val-de-Marne. Des tests seront également  déployés dans les établissements scolaires, où le protocole sanitaire a aussi été renforcé. Il n’est pas prévu en revanche pour le moment de fermeture des écoles. 

L’inquiétude des autorités françaises

Preuve que la découverte du variant anglais du coronavirus préoccupe au sommet de l’État, la France avait choisi de fermer sa frontière aux déplacements avec le Royaume-Uni pour 48 heures le dimanche 20 décembre, afin de se prémunir au maximum d’une contamination sur son sol. Une reprise limitée du flux des personnes du Royaume-Uni vers la France a toutefois été annoncée à l’issue de ces 48 heures. Depuis le 23 décembre, les Français, les ressortissants de l’Espace européen et les ressortissants britanniques ou de pays tiers qui, soit résident habituellement en France, dans l’Union européenne ou dans l’Espace européen, soit doivent effectuer des déplacements indispensables, sont autorisés à revenir en France. « Seules certaines catégories de personnes sont autorisées à se déplacer vers la France ou à y transiter depuis le Royaume-Uni, munies d’une attestation de déplacement », a indiqué Beauvau dans communiqué. Par ailleurs, toute personne souhaitant rejoindre l’Hexagone doit également se munir d’un test PCR négatif de moins de 72 heures.

Dès le 21 décembre, Emmanuel Macron a qualifié la mutation du virus comme « problématique ». « On doit redoubler de vigilance. Tout cela montre la complexité du virus, son agressivité, oserais-je dire son inventivité et l’humilité qu’il nous faut toujours avoir », a-t-il déclaré durant une réunion de crise. Le variant identifié initialement en Angleterre fin 2020 se situe « à peu près à 1% » des 100 000 tests réalisés en France, a pour sa part indiqué le ministre de la Santé Olivier Véran à l’Assemblée nationale le 12 janvier, un chiffre basé sur les résultats préliminaires d’une enquête menée sur deux jours la semaine précédente. Cela fait donc environ 1000 personnes contaminées par ce variant.

En conférence de presse le jeudi 7 janvier, le ministre de la Santé Olivier Véran a assuré que « tous les labos » étaient « mobilisés pour traquer le variant ». « Nous nous attendons à en identifier davantage », a d’ores et déjà prévenu le ministre qui promet que « toutes les mesures qui s’imposeront » seront prises « si ces variants devaient s’avérer diffusés sur le territoire national ».  Sur BFMTV quelques heures plus tard, Olivier Véran avait expliqué que les services traitaient ce variant « presque comme un virus différent » qui ‘donne les mêmes symptômes, ne donne pas plus souvent de cas graves que le virus qu’on connaît, mais est plus contagieux ». Jugeant la nouvelle souche « extrêmement rapide », il a montré inquiétude et détermination : « Je ne vous cache pas mon inquiétude sur le variant anglais », a-t-il avoué, avant de conclure : « Nous ne voulons pas que ce virus commence à se diffuser sur le territoire ».

« Nous faisons tout pour empêcher le variant de rentrer et de se diffuser sur le territoire », a encore insisté Olivier Véran, sur Europe 1, le 10 janvier. Évoquant les situations de l’Écosse et de l’Angleterre, reconfinés, le ministre a déclaré qu’il ne voulait pas « que nous vivions cela en France ».  « Nous devons tout faire pour éviter qu’elle ne progresse rapidement et qu’elle devienne la souche dominante », a encore martelé Olivier Véran lors de la conférence de presse du 14 janvier. 

La circulation de cette nouvelle souche du Covid en France sera en tout cas difficile à évaluer avec précision. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a indiqué fin 2020 dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. « La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni », expliquait-il dans le quotidien.

La stupeur a saisi le monde entier le samedi 19 décembre, quand les autorités britanniques ont décidé de reconfiner Londres et et le Sud-est du pays en urgence, avec déplacements interdits. En cause : la propagation d’une variante du Covid en Angleterre qui a d’emblée préoccupé les organismes scientifiques et sanitaires du pays. Les virologues britanniques ont rapidement estimé que cette mutation du virus, baptisée VOC-202012/01 (précédemment VUI-202012/01) ou plus simplement B.1.1.7, est apparue mi-septembre à Londres ou dans le Kent. Les premières estimations indiquaient que la mutation aurait été à l’origine de 62% des contaminations survenues à Londres en décembre et de 43% dans le sud-est, bien plus qu’à la mi-novembre. Cette mutation est qualifiée « d’anglaise » car elle a été identifiée sur le sol britannique, mais elle a pu avoir lieu dans un autre pays.

L’émergence de cette nouvelle souche n’est pas encore expliquée. Selon les premières hypothèses, le variant VOC-202012/01 aurait pu émerger chez un ou plusieurs patients immunodéprimés, autrement dit dont les défenses immunitaires sont insuffisantes. Chez certains de ces malades, le système immunitaire est assisté par une transfusion d’anticorps extraits chez des patients guéris. Dans le cas où le coronavirus provoquerait une infection longue, ce traitement peut provoquer des résistances et donc des variations du virus, notamment au niveau de son ARN. En novembre et décembre 2020, les revues scientifiques New England Journal of Medicine et Cell ont rapporté l’existence de deux patients, l’un atteint d’un syndrome des anticorps antiphospholipides et l’autre d’un cancer, infectés par le SARS-CoV-2 pendant une longue durée et traités par transfusion sanguine d’anticorps.

Une autre variante très proche, mais vraisemblablement sans rapport, a été observée à peu près au même moment en Afrique du Sud. Cette variante, baptisée quant à elle 501.V2, n’a été d’abord décrite que comme « une variante similaire » à la souche B.1.1.7 par le ministre de la Santé sud-africain Zwelini Mkhize, dans un communiqué cité par Le Point. Néanmoins, dès le mercredi 23 décembre, le Royaume-Uni a tiré la sonnette d’alarme. « Ce nouveau variant est hautement préoccupant, parce qu’il est plus contagieux et semble avoir muté davantage que le nouveau variant qui a été identifié au Royaume-Uni », a ainsi annoncé le ministre de la Santé Matt Hancock. Des restrictions de voyages ont donc été « immédiatement » prises outre-Manche.

Sur France Info le 13 janvier, Jean-François Delfraissy a indiqué que le variant sud-africain pourrait avoir suivi le même type de mutation que le variant britannique. « Il n’y a pas d’explication pour l’instant. L’une des hypothèses avancées est que l’Afrique du Sud est l’un des pays les plus touchés par le VIH, donc avec davantage de patients immunodéprimés », a-t-il déclaré. Une hypothèse corroborée par les propos de Houriiyah Tegally à l’AFP le 12 janvier. Celle-ci est bio-informaticienne, membre de l’équipe de pointe qui a identifié le variant en Afrique-du-Sud : « La théorie la plus probable est qu’il soit venu de patients immunodéprimés, dont le système immunitaire a plus de mal à supprimer les infections ».

Alors que ces deux variants du coronavirus préoccupaient déjà les autorités sanitaires, une nouvelle souche du Covid a été détectée au Japon le 11 janvier. C’est l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) qui a fait cette annonce, lors d’une conférence de presse, suivie par des déclarations des autorités de santé japonaises. On parle aussi d’un variant « brésilien » ou « Manaus », puisqu’il a été détecté en premier lieu chez quatre voyageurs venus de l’Etat de l’Amazonas, au Brésil, selon le ministère de la Santé japonais. Les patients sont un homme d’une quarantaine d’années, une femme d’une trentaine d’années et deux adolescents. Trois d’entre eux présentaient des symptômes à différents degrés : maux de tête, fièvre et jusqu’à des difficultés respiratoires.

Ce nouveau variant présenterait « des similitudes avec ceux identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud » en fin d’année, selon l’Institut national japonais des maladies infectieuses, repris par l’AFP. Mais plus de détails ont été apportés par une étude publiée dans le magazine Virological.org et co-signée par des chercheurs britanniques et brésiliens le 12 janvier. Le variant « Manaus », du nom de la capitale de l’Amazonas, d’où il serait parti, présenterait « des taux d’attaque très élevés » avec 42% des tests positifs RT-PCR recueillis entre le 15 et le 23 décembre, soit une augmentation « soudaine » et « récente » écrivent les scientifiques, se traduisant par « augmentation rapide du nombre de cas et d’hospitalisations ».

Cette « nouvelle lignée, nommée P.1 (descendant de B.1.1.28) », contient « une constellation » ou « un cocktail » de mutations « dont plusieurs mutations d’importance biologique », indique encore l’étude, qui mentionne « une signature génétique unique ». Les scientifiques citent notamment « 17 changements uniques d’acides aminés, 3 délétions et 4 mutations synonymes, ainsi qu’une insertion 4nt par rapport à la séquence non P.1 ». Traduction : cette nouvelle souche a muté de manière très nette par rapport aux anciennes souches du Covid. Certaines de ces mutations sont similaires aux souches identifiées au Royaume-Uni et en Afrique du Sud (mutations N501Y, K417N/T, E484K), mais elles « semblent être apparues de manière totalement indépendante ». « Il est donc essentiel d’examiner rapidement s’il existe un taux accru de réinfection chez les personnes précédemment exposées », écrivent les scientifiques laissant planer le doute sur les vaccins.

Faut-il parler de variant, de nouvelle souche ou de mutation du coronavirus qui sévit dans le monde depuis novembre 2019 ? Il faut d’abord savoir que le SARS-CoV-2 subit depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d’ARN du virus (l’acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. « Ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, voire même avoir un effet négatif sur le virus. D’autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie », indique l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) dans un communiqué daté du 11 janvier. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c’est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu 12 000 mutations. On parle de « variante » ou de « nouvelle souche », quand une modification plus prononcée a eu lieu. Parmi elles, la variante D614G est devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du mois de février 2020.

Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, a estimé que la nouvelle variante B.1.1.7, observée en Angleterre en fin d’année 2020, présentait 23 changements par rapport au virus (le Conseil scientifique français en a évoqué 24 dans un avis rendu public le 29 décembre). Les premières analyses évoquaient quant à elles 17 mutations, ou altérations potentiellement importantes. Qu’il s’agisse de la souche britannique, sud-africaine ou brésilienne, ces mutations sont en tout cas en nombre « inhabituellement grand », beaucoup étant « associées aux changements dans la protéine que le virus fabrique » et « à la manière dont le virus se lie aux cellules ou les pénètre », selon des propos rapportés par l’AFP. Il s’agit donc bien de mutations qui ont abouti à une nouvelle souche du virus.

Le principal motif d’inquiétude au sujet de la variante B.1.1.7 (« anglaise ») du coronavirus, mais aussi des variantes 501.V2 (« sud-africaine ») et P.1 (brésilienne) est que celles-ci seraient plus contagieuses encore que la souche dominante à ce jour en Europe et dans le monde. Un premier rapport du Nervtag, le groupe chargé de conseiller le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, laissait entendre dès la mi-décembre que la variante dite « anglaise » présentait « un avantage sélectif par rapport aux autres variantes » du virus et a connu une « croissance exponentielle pendant une période lors de laquelle des mesures nationales de verrouillage étaient en place ». Surtout, les mutations du coronavirus « portent principalement sur la protéine des Spikes (spicules) », indiquait le rapport, autrement dit les pointes qui se trouvent à sa surface du coronavirus et lui permettent de s’attacher aux cellules pour les pénétrer, jouant donc un rôle clé dans l’infection virale.

Une autre étude menée par plusieurs chercheurs britanniques et publiée sur le forum scientifique Virological.org, a elle aussi laissé entendre très rapidement que cette forme du Covid serait plus contagieuse. Il est question notamment d’une des mutations commune aux trois nouvelles souches en au Royaume-Uni, mais aussi en Afrique du Sud et au Brésil : la mutation N501Y, liée justement aux Spikes du coronavirus. L’une des conclusions des chercheurs est que le coronavirus aurait subi « un nombre étonnamment élevé de modifications génétiques, notamment dans le domaine de la liaison aux récepteurs du virus dans le corps humain ».

Jusqu’à 50 ou 70% plus contagieuse ?

Ce sont ces premiers éléments qui ont fait dire à Boris Johnson mi-décembre que la nouvelle mutation pouvait se transmettre « jusqu’à 70% plus facilement », tandis que le ministre de la Santé, Matt Hancock, a évoqué avant les fêtes une variante « hors de contrôle ». Chris Whitty, directeur général de la santé d’Angleterre, a lui aussi fait part de son inquiétude, dans un communiqué publié le 19 décembre. Il a confirmé que « le groupe consultatif sur les menaces nouvelles et émergentes des virus respiratoires (Nervtag) considérait maintenant que cette nouvelle souche pouvait se propager plus rapidement que les autres variantes du virus ». « Il semble que ce virus [soit] largement plus infectieux que la souche précédente », a abondé le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, le 21 décembre, sur Science Media Centre.

Un rapport publié le jeudi 31 décembre par les chercheurs de l’Imperial College de Londres, qui ont analysé des milliers de génomes de virus du Sars-CoV-2 séquencés entre octobre et décembre, confirme que ce variant à un « avantage important » en termes de contagiosité : 50 à 75% plus contagieux, ou un taux de reproduction du virus (R) entre 0,4 et 0,7 supérieur au virus habituel. Une étude britannique publiée  le 4 janvier semble elle aussi confirmer que cette forme mutante du virus serait plus rapide dans sa transmission.  Une souche « 50% à 74% » plus contagieuse résume pour sa part l’un des auteurs, Nick Davies, biologiste à la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM). L’étude fait part de son inquiétude quant à un nombre de personnes contaminées plus important et donc une forte hausse des hospitalisations. 

Les variants sud-africain et brésilien ont fait l’objet d’étude similaires, notamment l’étude déjà mentionnée plus haut sur le variant « Manaus » et publiée le 12 janvier dans Virological.org.

Des conclusions contradictoires sur la contagiosité

Mi-décembre, des experts américains ont commenté les premières études sur la nouvelle souche du coronavirus et selon ces dernières, il n’y avait aucune preuve d’une contagiosité plus élevée. « Il n’y a pas de preuve tangible que ce virus soit effectivement plus contagieux », mais « il y a des preuves claires qu’il est plus répandu dans la population », a fait savoir Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme gouvernemental de vaccination, à l’occasion d’une conférence de presse à laquelle a assisté l’AFP avant les fêtes.

« Les éléments de preuve sont encore insuffisants pour permettre de se faire une opinion ferme sur la question de savoir si le virus a réellement augmenté la transmission », a aussi déclaré le professeur Jonathan Ball, virologue à l’université de Nottingham, dans des propos repris par la BBC le même jour. Plus mesurée elle aussi, l’Organisation mondiale de la santé a rejeté avant Noël l’idée d’un variant « hors de contrôle », en indiquant que les taux d’incidence du virus avaient pu être élevés lors de la première vague sans pour autant que la situation n’échappe au contrôle des autorités sanitaires.

Interrogé sur le sujet en France, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, a d’abord prôné la prudence, sans s’alarmer. « La crainte, c’est une véritable mutation de la protéine Spike, c’est-à-dire celle qui permet au virus de s’accrocher. Or, celle décrite par les Anglais porte sur cette protéine, et des données suggèrent que le virus serait plus infectieux. Cela demande à être confirmé. Je ne suis pas inquiet car nous avons déjà levé ce type d’alerte : rappelez-vous les récentes craintes sur les visons » disait-il au Parisien mi-décembre. Un jugement nuancé depuis, notamment dans son interview à France Info le 13 janvier où il a fait part de son inquiétude sur la propagation du variant britannique dans l’Hexagone.

Le ministre de la Santé britannique a indiqué le 20 décembre que « la nouvelle souche (de coronavirus, ndlr) était hors de contrôle », justifiant ainsi les mesures de confinement imposées, mais il a bien précisé que les travaux en cours n’avaient pas pointé de symptômes plus graves. « Rien n’indique qu’il est plus mortel ou qu’il cause une forme plus sévère de la maladie », a également précisé le Premier ministre britannique Boris Johnson. De son côté, le Nervtag, conseil consultatif britannique, a conclu que les données actuelles sont insuffisantes pour tirer une quelconque conclusion sur la gravité de la nouvelle souche, estimant que « 4 décès sur environ 1 000 cas ont été identifiés », mais que « d’autres travaux sont nécessaires pour comparer ce taux de mortalité avec des ensembles de données comparables ».

En France, le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique, a estimé le 22 décembre sur RTL que « ce clone infectieux n’est pas plus pathogène » et « ne donne pas des infections plus grave » que les autres variantes. D’après une étude publiée fin novembre dans la revue de référence Nature, des chercheurs ont rappelé que « les mutations récurrentes actuellement en circulation semblent être neutres sur le plan de l’évolution et principalement induites par le système immunitaire humain, via l’édition de l’ARN ». Pour la souche trouvée dans le sud de l’Angleterre, les conclusions sont les mêmes : « la variante est porteuse du N501Y, a priori sans mutation inquiétante », expliquait François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London, le 20 décembre à l’AFP.

Risque de réinfection et débat statistique

Le Conseil scientifique français a rendu public, le 29 décembre, un avis émis une semaine plus tôt et qui s’est penché sur ce qu’il appelle le « clone anglais ‘VUI-UK' ». « Les données actuelles fournies par les autorités britanniques rapportent une augmentation du risque de transmission […], mais aucune différence n’est notée à ce jour en termes de pathogénicité (manifestations cliniques, durée de la maladie) ou d’échappement à la réponse immunitaire des personnes déjà infectées », écrivent les experts en charge de conseiller le gouvernement français sur le coronavirus. « Ces données épidémiologiques doivent inciter à la prudence, mais demandent à être confirmées à moyen terme », écrivent encore les scientifiques qui écartaient donc à ce stade tout « risque de réinfection » d’une personne ayant déjà eu le coronavirus (« les premières données montrent que des sérums issus de patients ayant fait un COVID avec une autre souche peuvent neutraliser le clone anglais in vitro »).

L’Inserm a résumé l’état des connaissances le 11 janvier : « les données cliniques recueillies jusqu’ici confirmeraient que ce variant possède une capacité accrue de transmission (de 50 à 70% supérieure aux SARS-Cov-2 ‘classiques’) sans modification significative de sa virulence », mais « le faible nombre de réinfections identifiées ne permet pas de tirer de conclusions sur l’efficacité de la réponse immunitaire croisée entre ce variant et les virus précédents ». La question de la réinfection reste cependant débattue.

Des variants plus contagieux mais pas plus grave ? La réponse à cette question est complexe. Plusieurs épidémiologistes, dont le très reconnu Adam Kucharski, au Royaume-Uni, ont estimé qu’un virus plus contagieux pouvait in fine se révéler plus dangereux qu’un virus plus létal. Adam Kucharski a notamment fait la démonstration mathématique sur son compte Twitter qu’une souche de coronavirus 50% plus transmissible générait plus de décès qu’une souche 50% plus létale. Une analyse reprise par la suite dans de nombreux titres de presse en Angleterre comme en France. Pour Guillaume Rozier, fondateur de Covid Tracker et interviewé par les Dernières Nouvelles d’Alsace notamment, « c’est pire d’avoir un virus qui se transmet plus vite, qu’un virus plus mortel. Il vaut mieux un virus 50 % plus mortel, qu’un virus 50 % plus transmissible. Cela peut sembler contre-intuitif mais, à moyen terme, un virus plus transmissible causera plus de morts qu’un virus plus mortel », a-t-il expliqué.

Autre information s’étant répandue comme une traînée de poudre : celle selon laquelle les enfants serait davantage touchés par cette mutation du Covid-19. Une interview a notamment frappé les esprits le 1er janvier : celui de Laura Duffel, infirmière en chef de l’hôpital King’s College de Londres. Celle-ci a alerté sur la BBC sur la situation sanitaire alarmante de l’établissement, où une « aile entière » aurait été « occupée par des enfants ». L’incidence de la variante du Covid chez les enfants a aussi été analysée par une étude en prépublication de l’Imperial College, dirigée par l’épidémiologiste Neil Ferguson. Celle-ci a conclu, le 31 décembre dernier, que les moins de 19 ans étaient « significativement plus nombreux » à être infectés par la version mutante du virus que par la souche d’origine. 

Mais ces conclusions ont très vite été nuancées voire démenties par d’autres scientifiques et par les données des autorités sanitaires. Au lendemain du témoignage de Laura Duffel sur la propagation du coronavirus chez les enfants, le Collège royal de pédiatrie et de santé infantile (RCPCH) a publié un communiqué pour contester le tableau dépeint par l’infirmière et pour assurer qu’il n’y avait « pas de pression significative du Covid-19 en pédiatrie au Royaume-Uni ». La Public Health England, agence de santé britannique, a pour sa part indiqué dans un rapport que les admissions à l’hôpital n’avaient pas augmenté en fin d’année, alors même que la nouvelle souche du Covid poussait les autorités à reconfiner le sud du pays (depuis le mercredi 6 janvier, c’est l’ensemble du Royaume-Uni qui est de nouveau confiné).

En France, un communiqué publié par plusieurs experts en pédiatrie a réaffirmé que les données britanniques sur les hospitalisations ne reflétaient pas d’augmentation significative pour les plus jeunes. Selon Robert Cohen, président du Conseil national de la pédiatrie, qui s’est exprimé le 3 janvier dans Le Parisien, « le Covid-19 n’était pas un souci particulier pour les enfants, sauf de rares complications. Mais avec cette mutation, comme il est plus contagieux, les jeunes vont contaminer davantage de personnes, que ce soit leur entourage familial, ou à l’école. Il faut donc que l’on se donne plus de moyens pour le détecter, notamment à l’école ». Toutefois, « le variant anglais ne provoque pas, pour l’instant au moins, d’afflux supplémentaires de jeunes patients dans les hôpitaux britanniques », rassure -t-il. Interrogé sur France Inter le 4 janvier, il a aussi estimé que « ce variant britannique est plus contagieux que les autres variants, en revanche il n’est pas plus contagieux chez les enfants que chez les adultes ». Sur BFMTV enfin, le pédiatre a reconnu qu’il fallait « multiplier le nombre de tests » et « envoyer les prélèvements pour un séquençage, pour voir si ce variant anglais, qu’on n’a jamais encore isolé chez un enfant en France, apparaît ». 

Même son de cloche du côté de la la Société française de pédiatrie. Pour 20 Minutes, sa présidente Christèle Gras-Le Guen estime que « la proportion d’enfants positifs par rapport aux adultes reste minoritaire et on ne constate pas de formes plus graves « . Selon elle, la situation en pédiatrie est même rassurante : « alors que d’habitude, on croule sous les grippes et les bronchiolites, cette année, nos services pédiatriques sont vides… « , indique-t-elle. Ce qui ne l’empêche pas de nuancer : « il faut qu’on reste vigilant, qu’on continue à tester les enfants. Et s’ils sont positifs, qu’on séquence la souche pour voir si c’est ce variant ».

Le jeudi 7 janvier sur BFMTV, le ministre de la Santé Olivier Véran s’est aussi montré prudent : « Statistiquement, c’est extrêmement rare que les enfants se contaminent à l’école. Pour le variant anglais, j’ai besoin d’études scientifiques plus étayées. Aujourd’hui, il ne circule pas chez les enfants, donc il n’y a pas lieu d’avoir peur ». Une augmentation du taux de positivité du Covid chez les enfants de 0 à 9 ans a été constaté en France début janvier, mais il est encore beaucoup trop tôt pour l’expliquer. 

Il est très vraisemblable que les vaccins, déjà utilisées ou sur le point de l’être, soient efficaces, au moins contre la mutation anglaise. Les vaccins à ARN, dont le Pfizer-BioNTech déployé en France depuis le dimanche 27 décembre, resteraient efficaces sur cette nouvelle mutation. Dans un communiqué publié le vendredi 8 janvier, le groupe Pfizer a annoncé que son vaccin, développé avec BioNTech, pouvait d’ores et déjà « neutraliser » les variants britannique et sud-africain du Covid-19. Le PDG du laboratoire BioNtech, qui a mis au point le principal vaccin avec Pfizer, a par ailleurs assuré dès la fin décembre que son groupe sera capable de fournir un nouveau vaccin « en six semaines » en cas de mutation significative du Covid.

Ces perspectives optimistes semblent pour l’instant partagées par les scientifiques et les autorités sanitaires. « En terme de vaccination, il n’y a pas trop de différence entre ces deux virus. Les vaccins tels qu’ils ont été produits devraient nous protéger », assurait sur RTL le 22 décembre Bruno Lina, membre du Conseil scientifique et professeur de virologie au CHU de Lyon. Et d’ajouter qu’en cas d’altération, les scientifiques pourront réagir rapidement : « On pourrait faire exactement comme pour les vaccins contre la grippe en changeant une partie de la formule. Ce n’est pas très compliqué à faire ». Une analyse partagée par le Professeur Benjamin Davido, infectiologue à l’hôpital Raymond Poincaré de Garches et référent vaccin Covid-19, qui s’est exprimé auprès d’Europe 1. « Nous n’avons pas de raison de penser que cela pourrait modifier la réponse à la vaccination, car il ne s’agit pas d’une mutation de l’ensemble de la cible du vaccin. C’est seulement une petite partie. Mais on peut imaginer que l’on passe d’un vaccin d’une efficacité de 95% à une efficacité de 85% », a-t-il déclaré. D’après les modèles développés sur certains animaux, les nouvelles souches du Sars-CoV-2 n’empêcheraient pas l’action des anticorps, a de son côté souligné Le Figaro. « Même si vous baissez en efficacité, vous allez normalement toujours avoir une neutralisation du virus », indiquait encore mi-janvier à l’AFP Vincent Enouf, du Centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur à Paris. 

Le ministre français de la Santé Olivier Véran a fait savoir lui-aussi qu’a priori, « il n’y a pas de raison de penser que le vaccin soit moins efficace ». Un avis prudemment répété en conférence de presse le 14 janvier. Il suit sur ce point l’avis de l’OMS qui considère pour le moment que cette mutation devrait bien être stoppée par les campagnes de vaccination. L’Inserm s’est elle aussi risquée à une analyse similaire le 11 janvier : « Les mutations de la protéine Spike ne modifieraient pas de façon majeure sa capacité à être reconnu par le système immunitaire ; les vaccins distribués actuellement resteraient donc efficaces ».

Les souches sud-africaine et brésilienne en question

Les doutes émergent néanmoins au fur et à mesure des découvertes sur ces variants. Les souches sud-africaine et brésilienne sont à ce titre très préoccupantes car susceptibles d’avoir muté plus en profondeur. La mutation E484K, détectée sur ce deux souches, mais pas sur le variant britannique selon les premières études, serait « la plus inquiétante de toutes » sur le plan de la réponse immunitaire, a indiqué à l’AFP Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l’Université de Cambridge. Celle-ci perturberait en effet la détection du virus par les anticorps, ce qui, à terme, pourrait provoquer des réinfections de patients ayant déjà affronté le Covid, ou rendre les vaccins moins efficaces.

Des travaux réalisés par des chercheurs de Seattle et consultables en pré-publication sur le site scientifique BioRxiv depuis le 4 janvier, indiquent en effet que « l »évolution du SARS-CoV-2 pourrait nuire à la reconnaissance du virus […] par les anticorps humains ». E484K y est clairement mentionné comme un puissant brouilleur. « Les lignées émergentes en Afrique du Sud et au Brésil, portant la mutation E484K, auront une sensibilité considérablement réduite à la neutralisation par les anticorps polyclonaux sériques de certains individus », écrivent encore les scientifiques américains. En résumé, cette mutation « peut aider le virus à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination »,  explique le Pr François Balloux, de l’University College de Londres, cité par l’organisme britannique Science Media Centre.

La réinfection d’une Brésilienne, rapportée dans une étude menée par des chercheurs brésiliens et datée du 6 janvier, suggère déjà que la réponse immunitaire apportée par une première infection au coronavirus n’a pas été suffisante face à cette mutation E484K. BioNTech et Pfizer ont bien tenté de rassurer sur l’efficacité de leur vaccin sur les nouvelles souches du Covid, mais leurs analyses ont porté principalement sur la mutation N501Y, pas sur E484K. Néanmoins, d’autres conclusions rassurantes ont été avancées par les laboratoires pharmaceutiques : Rino Rappuoli, chercheur chez GlaxoSmithKline (GSK) a notamment cosigné, avec son équipe de scientifiques de Sienne, en Italie, une étude rendue publique le 28 décembre dans la revue Nature et qui a fait émerger la mutation E484K. « Je ne pense pas que cette mutation soit à elle seule problématique pour les vaccins », a affirmé l’immunologiste sur la base de ces travaux, affirmant que les vaccins pourraient rapidement s’adapter. « Il faut développer des vaccins et des anticorps capables de contrôler des variants émergents », conclut l’article.

Plus le Covid mute, plus il risque de résister aux vaccins

« On ne sait pas encore si les vaccins jouent un rôle sur la transmission » du variant sud-africain, a ainsi tranché Jean-François Delfraissy sur France Info le 13 janvier. « Pfizer a publié des données indiquant que son vaccin fonctionne, mais il s’agissait d’une expérience très limitée », a abondé la bio-informaticienne sud-africaine Houriiyah Tegally auprès de l’AFP le 12 janvier estimant toutefois avoir « bon espoir ». « L’émergence récente de variantes présentant de multiples mutations partagées en épi suscite des inquiétudes quant à l’évolution convergente vers un nouveau phénotype, potentiellement associé à une propension accrue à la réinfection des individus », écrivent par ailleurs les auteurs d’une étude parue le 12 janvier dans Virological.org concernant le variant brésilien cette fois. Ils suggèrent donc une résistance de cette nouvelle souche aux anticorps et donc, potentiellement, aux vaccins.

La mutation E484K, observée sur les variants sud-africain et brésilien, « pourrait être le début des problèmes » pour les vaccins, a  pour sa part répété le Pr Gupta mi-janvier. « A ce stade, ils devraient tous rester efficaces, mais ce qui nous inquiète, c’est la perspective de futures mutations qui s’ajouteraient » à celles qu’on observe déjà, a-t-il déclaré à l’AFP, appelant à « vacciner le plus vite possible partout dans le monde ». Sur la BBC dès le mois de décembre 2020 il estimait déjà que « si nous laissons de virus muter davantage, alors nous pouvons commencer à nous inquiéter ». Selon ce professeur qui travaille sur les mutations virales, le SARS-CoV-2 est « potentiellement sur le point de sortir du cadre du vaccin » et a même « fait quelques premiers pas dans cette direction ». Le professeur David Robertson, de l’université de Glasgow, a pour sa part indiqué que le coronavirus sera à l’avenir « probablement capable de générer des mutations qui contournent le vaccin ». Un scénario que n’a pas écarté Moncef Slaoui, le conseiller principal du programme américain de vaccination, pour qui « il est impossible d’exclure qu’un jour, quelque part, un virus parvienne à échapper à la réponse protectrice provoquée par le vaccin ».

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